小儿脑炎后可出现运动功能障碍表现为肢体瘫痪、运动发育迟缓，损伤大脑神经细胞及脑组织引发智力障碍致认知能力下降，脑部语言中枢受损导致语言障碍，引发脑神经元异常放电出现癫痫发作，累及视觉听觉通路相关神经结构致视力听力障碍，影响调节情绪行为的神经递质系统及回路致精神行为异常。
一、运动功能障碍
小儿脑炎后可能出现运动功能方面的后遗症，常见如肢体瘫痪，多表现为单侧或双侧肢体活动受限、肌力下降，这是由于脑炎导致神经系统中支配肌肉运动的神经通路或神经细胞受损，影响了对肌肉的正常控制。部分患儿还会有运动发育迟缓，相较于同龄儿童，在大运动（如抬头、坐、站、走）及精细运动（如抓握、手指精细动作）的发育进程上明显滞后，与脑部神经发育受损后运动功能的恢复受阻相关。
二、智力障碍
脑炎可能损伤大脑的神经细胞及脑组织，进而引发智力障碍。患儿会出现认知能力下降，表现为记忆力减退、注意力不集中、对周围事物的理解和分析能力低于正常水平，学习新事物的能力显著降低，这是因为脑炎对大脑负责认知功能的区域造成了不可逆的损害，影响了神经信息的处理与存储等过程。
三、语言障碍
脑部的语言中枢在脑炎后受损可导致语言障碍。患儿可能出现说话不清、构音困难，或者语言表达能力差，难以用恰当的语句表达自己的需求和想法，也可能存在语言理解能力障碍，不能准确理解他人的话语含义，这与语言中枢相关神经结构的损伤使语言的生成、理解等功能受到影响密切相关。
四、癫痫发作
小儿脑炎后部分患儿会出现癫痫发作，这是由于脑炎引发脑神经元异常放电。发作形式多样，包括全身性强直-阵挛发作、部分性发作等，癫痫发作会对患儿的神经系统及整体健康产生持续影响，其机制是脑炎导致大脑皮质的神经元细胞膜稳定性改变，使得异常放电频繁发生。
五、视力听力障碍
脑炎若累及视觉通路相关的神经结构或听觉器官相关的神经传导路径，可导致视力听力障碍。视力障碍表现为视力减退、视物模糊等，听力障碍则表现为听力下降、对声音的敏感度降低，这是因为脑炎损伤了视觉或听觉传导过程中的神经组织，影响了视觉信号或听觉信号的正常传导与处理。
六、精神行为异常
脑炎后部分患儿会出现精神行为方面的异常，如情绪不稳定，易出现烦躁、焦虑、抑郁等情绪；还可能表现为易激惹，轻微刺激就会引发较大的情绪反应；有的患儿会有多动、注意力不集中等表现，这与脑炎对大脑中调节情绪、行为等神经递质系统及神经回路的影响有关，导致神经功能失衡从而出现精神行为的异常改变。
