卵巢巧克力囊肿的治疗方法包括手术治疗、药物治疗、超声引导下穿刺术和随访观察。手术治疗有囊肿剥除术（适用于有生育要求年轻患者）和患侧卵巢切除术（适用于无生育要求等患者）；药物治疗包括口服避孕药（抑制排卵使异位内膜萎缩）、孕激素（使异位内膜蜕膜化萎缩）、GnRH-a（抑制垂体致卵巢激素下降使异位内膜萎缩，有相关不良反应需注意）；超声引导下穿刺术适用于囊肿小症状轻患者但有复发可能；随访观察针对无症状或症状轻、囊肿小患者，需关注不同特殊人群情况。
一、手术治疗
1.囊肿剥除术：适用于有生育要求的年轻患者。通过手术将囊肿从卵巢上剥离，尽量保留正常卵巢组织，最大程度保留患者的生育功能。例如，研究表明，对于直径小于5cm的卵巢巧克力囊肿，行囊肿剥除术后，患者术后妊娠率可达一定比例，且能较好地维持卵巢功能。该手术方式需要精细操作，避免过度破坏卵巢组织，对于不同年龄的患者，手术操作时需根据其卵巢储备功能等情况调整手术策略，年轻患者更需注重对卵巢组织的保护。
2.患侧卵巢切除术：适用于无生育要求、年龄较大或囊肿较大且粘连严重的患者。直接切除患侧卵巢，该手术方式会对患者的内分泌功能产生一定影响，尤其是对于年轻患者，可能会导致提前进入围绝经期等情况，因此需要谨慎选择，在手术前需充分评估患者的整体情况，包括年龄、卵巢功能等。
二、药物治疗
1.口服避孕药：通过抑制排卵，使异位的子宫内膜萎缩，从而达到治疗卵巢巧克力囊肿的目的。常用的口服避孕药如复方短效口服避孕药等，研究显示，服用口服避孕药的患者囊肿有一定程度的缩小，且能调节月经周期，改善痛经等症状。但对于有严重肝肾功能不全、血栓病史等患者不适用，在使用前需详细询问患者病史，评估用药风险。
2.孕激素：如甲羟孕酮等，可使异位内膜蜕膜化并萎缩。孕激素治疗可能会引起不规则阴道出血、体重增加等不良反应，对于不同年龄的患者，不良反应的表现和程度可能有所不同，年轻患者可能更在意体重增加等影响生活质量的问题，在用药过程中需密切观察患者的反应。
3.GnRH-a（促性腺激素释放激素激动剂）：通过抑制垂体分泌促性腺激素，导致卵巢激素水平明显下降，出现暂时性闭经，使异位的子宫内膜萎缩。常用药物如亮丙瑞林等，使用GnRH-a治疗后，患者可能会出现潮热、阴道干燥、骨质疏松等更年期症状，对于年轻患者，长期使用可能会增加骨质疏松的风险，因此在使用过程中可考虑同时补充钙剂等，并且用药时间一般不超过6个月。
三、超声引导下穿刺术
在超声引导下将囊肿内的液体抽出，然后注入硬化剂，使囊肿萎缩。该方法适用于囊肿较小、症状较轻的患者。但穿刺术有复发的可能，且对于一些复杂粘连的囊肿可能不适用。在操作前需明确囊肿的位置、与周围组织的关系等，对于不同年龄的患者，穿刺过程中需注意避免损伤周围重要组织，尤其是年轻有生育要求的患者，要尽量减少对卵巢功能的影响。
四、随访观察
对于无症状或症状较轻、囊肿较小（直径小于3cm）的患者，可定期进行超声检查，观察囊肿的变化情况。如果囊肿无明显变化或生长缓慢，可继续随访。但在随访过程中需关注患者的症状变化，如痛经是否加重、月经是否出现异常等，对于年龄较大、无生育要求且囊肿稳定的患者，可适当延长随访间隔时间，但仍需密切监测。特殊人群方面，年轻患者若有生育计划，在随访过程中需积极评估生育功能的影响；对于围绝经期患者，需关注囊肿恶变的可能，因为该年龄段卵巢巧克力囊肿有一定恶变风险，一旦发现囊肿生长迅速等异常情况，需及时处理。
