自主神经功能紊乱可表现出多系统症状，心血管系统有心悸、胸闷；消化系统有食欲减退、腹胀腹痛；泌尿系统有尿频、尿失禁；神经系统有头痛头晕、肢体麻木感觉异常；其他方面有出汗异常、情绪改变如焦虑抑郁等，不同人群因自身情况不同出现相应症状的情况各有特点。
一、心血管系统症状
可表现为心悸，患者自觉心跳加快、心慌，这是由于自主神经功能紊乱影响心脏的神经调节，导致心脏节律或收缩功能出现异常。在年轻人群中，长期熬夜、精神压力大等生活方式因素可能诱发该症状；对于有基础心血管疾病病史的人群，自主神经功能紊乱可能加重原有病情，使心悸症状更明显。例如有研究表明，长期精神紧张的人群发生自主神经功能紊乱伴心悸的概率高于正常人群。
还可能出现胸闷，患者感觉胸部发闷、呼吸不畅，这是因为自主神经功能紊乱影响了心血管系统的神经调节，导致胸部的血管舒缩功能异常，进而影响呼吸相关的神经传导。在女性更年期阶段，由于体内激素水平变化，自主神经功能不稳定，更容易出现胸闷等自主神经功能紊乱症状。
二、消化系统症状
常见食欲减退，患者进食欲望降低，这与自主神经功能紊乱影响胃肠道的神经支配有关，使得胃肠道的蠕动和消化液分泌受到影响。长期饮食不规律、精神压力大的人群，自主神经功能紊乱导致食欲减退的情况较为常见。比如一些从事高强度脑力劳动且生活节奏不规律的人群，容易出现食欲方面的自主神经功能紊乱表现。
还可能有腹胀、腹痛等症状。腹胀是因为自主神经功能紊乱影响胃肠道的正常蠕动，食物在胃肠道内停留时间延长，产生过多气体导致腹胀；腹痛则是由于胃肠道神经调节异常，引起胃肠道平滑肌痉挛或蠕动紊乱所致。对于患有胃溃疡等消化系统基础疾病的人群，自主神经功能紊乱可能会使腹痛等症状加重，且症状表现可能更不典型。
三、泌尿系统症状
可出现尿频，患者排尿次数增多，这是因为自主神经功能紊乱影响了膀胱的神经支配，导致膀胱逼尿肌和括约肌的协调功能失常。在老年人群中，随着年龄增长，自主神经功能本身有所减退，再加上可能存在的前列腺增生等泌尿系统基础疾病，更容易出现尿频等自主神经功能紊乱相关的泌尿系统症状。例如有研究显示，老年男性中自主神经功能紊乱合并尿频的比例相对较高。
部分患者还可能出现尿失禁等症状，这是由于膀胱的神经调节功能严重失调，导致膀胱不能正常控制排尿。对于女性妊娠后期的人群，由于子宫增大等因素影响盆腔神经，也可能出现自主神经功能紊乱相关的泌尿系统症状变化，如尿频、尿失禁等风险增加。
四、神经系统症状
常见头痛、头晕等症状。头痛是因为自主神经功能紊乱影响头部血管的舒缩功能，导致血管紧张度改变而引起头痛；头晕则是由于自主神经功能紊乱影响了脑部的血液供应调节，使得脑部供血相对不足或平衡失调。在长期失眠的人群中，自主神经功能紊乱引发头痛、头晕的概率明显升高。比如长期熬夜、睡眠质量差的人群，神经系统的自主神经调节功能更容易出现紊乱，进而导致头痛、头晕等症状频繁出现。
部分患者还可能有肢体麻木、感觉异常等表现，这是因为自主神经功能紊乱影响了周围神经的感觉传导功能。对于患有糖尿病等周围神经病变基础疾病的人群，自主神经功能紊乱可能会加重肢体麻木等感觉异常症状，而且这类人群由于基础疾病的存在，自主神经功能紊乱的诊断和治疗需要更加谨慎。
五、其他症状
在出汗方面可能出现异常，比如多汗或盗汗。多汗是指无缘无故的大量出汗，这是由于自主神经功能紊乱导致汗腺的神经调节失常；盗汗则是夜间睡眠时出汗，醒来后汗止，也是自主神经功能紊乱影响汗腺神经支配的结果。在更年期女性中，由于激素水平变化引起自主神经功能不稳定，多汗或盗汗的症状较为常见。例如更年期女性中约有一定比例会出现不同程度的出汗异常的自主神经功能紊乱表现。
还可能出现情绪方面的改变，如焦虑、抑郁等。自主神经功能紊乱影响了神经递质的平衡，而神经递质与情绪调节密切相关，所以容易导致情绪异常。长期处于高压工作环境、生活事件刺激多的人群，自主神经功能紊乱伴发焦虑、抑郁等情绪问题的风险较高。比如一些面临工作晋升压力、家庭重大变故的人群，更容易出现自主神经功能紊乱相关的情绪症状。
