基孔肯雅热通常预后良好，但少数患者可能引发严重并发症，需密切关注病情变化。
多数患者急性期症状（如发热、关节痛）在1-2周内缓解，但约10%-40%的成年人可能遗留慢性关节痛，持续数月甚至数年，尤其影响手腕、膝关节活动。此外，部分患者会出现持续疲劳、注意力下降等神经认知症状，虽不危及生命，但可能显著降低生活质量。
免疫功能低下者（如老年人、慢性病患者）可能并发脑炎、心肌炎或严重出血，表现为高热不退、意识模糊、呼吸困难或皮肤瘀斑。孕妇感染可能增加早产或胎儿发育异常风险，需立即就医干预。
若急性期症状持续加重（如发热超过7天、剧烈头痛伴呕吐），或出现黄疸、少尿等异常，需警惕肝肾功能损伤等并发症。及时对症支持治疗（如补液、止痛）及防蚊隔离，可大幅降低重症风险。
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