基孔肯雅热与登革热的主要区别是病原体不同、症状差异、严重程度不同、流行地区不同等。
1.病原体不同
基孔肯雅热由基孔肯雅病毒引起，属于披膜病毒科甲病毒属；登革热由登革病毒引发，是黄病毒科黄病毒属成员。
2.症状差异
基孔肯雅热以剧烈关节疼痛为突出特征，疼痛常累及多个关节，影响活动；登革热典型症状为“三红征”（面、颈、胸部潮红）和“三痛症”（头痛、眼眶痛、全身肌肉和骨关节痛），还可能出现皮疹，但关节痛程度通常不如基孔肯雅热严重。
3.严重程度不同
基孔肯雅热一般较少出现严重并发症，病情相对较轻；登革热有发展为登革出血热和登革休克综合征的风险，严重时可危及生命。
4.流行地区不同
二者流行区域有一定重叠，但登革热分布更广泛，在全球热带和亚热带地区广泛流行；基孔肯雅热流行范围相对较窄，多在非洲、亚洲和欧洲的部分地区出现。
