基孔肯雅热与疟疾的不同之处在于病原体与传播途径不同、症状表现有别、诊断方法差异、治疗与预后不同、流行区域重叠但侧重不同等。
1.病原体与传播途径不同
基孔肯雅热由基孔肯雅病毒（CHIKV）引起，通过伊蚊（如埃及伊蚊）叮咬传播；疟疾则由疟原虫（如恶性疟原虫）导致，通过按蚊叮咬传播，且疟原虫需在人体和蚊体内循环发育。
2.症状表现有别
基孔肯雅热以突发高热、剧烈关节痛（手腕、脚踝等小关节）和皮疹为典型特征，关节痛可持续数周至数月；疟疾则表现为周期性寒战、高热、出汗退热，伴头痛、贫血，严重时可引发脑疟或器官衰竭。
3.诊断方法差异
基孔肯雅热依赖PCR检测病毒核酸（早期）或血清学抗体检测（IgM/IgG）；疟疾通过血涂片镜检疟原虫或快速诊断试剂（RDT）确诊。
4.治疗与预后不同
基孔肯雅热以对症支持治疗为主，无特效抗病毒药；疟疾需使用青蒿素类抗疟药（如蒿甲醚）根治，恶性疟延误治疗可能致命。
5.流行区域重叠但侧重不同
两者均流行于热带、亚热带地区，但疟疾高发于非洲、东南亚农村，基孔肯雅热更常见于城市及近郊，且疫情暴发常与蚊媒密度激增相关。
