亚急性硬化性全脑炎通常分为4期，即行为和精神障碍期、运动障碍期、昏迷和强直期、终末期。
1.行为和精神障碍期
这是疾病的起始阶段，此期一般持续1至6个月，主要表现为注意力不集中、学习成绩下降，在儿童和青少年学生群体中较为明显，原本学习良好的孩子成绩会突然下滑。还会出现性格改变，如变得淡漠、易激惹，有的患者会无故发脾气，原本开朗的性格变得孤僻。同时可能伴有轻微的运动异常，像动作迟缓、精细动作完成困难等，这对于从事手工劳动或需要高协调性工作的人群，影响较大，例如手工艺人难以完成精细操作。
2.运动障碍期
该期可持续1至3个月，以进行性肌阵挛发作为突出表现，患者会出现突然、短暂、快速的肌肉收缩，常累及头、四肢等部位，严重影响患者的运动功能，使其行走、站立等日常活动变得困难，对老年人或本身行动不便者影响更为严重，增加其摔倒风险。还会出现共济失调，导致患者行走不稳，像醉酒步态，上下楼梯或在不平整路面行走时易摔倒受伤。此外，舞蹈样动作也可能出现，即肢体不自主地做出快速、无目的、不规则的动作，干扰患者正常生活，如无法正常握笔写字、拿餐具进食等。
3.昏迷和强直期
此期持续时间约6至12个月，患者逐渐进入昏迷状态，对各种外界刺激反应迟钝或无反应，意识几乎丧失。同时，全身肌肉出现强直性痉挛，身体呈僵硬状态，关节活动受限，这不仅使患者身体极度不适，长期卧床还易引发褥疮、肺部感染等并发症，尤其是对于身体虚弱、皮肤抵抗力差的老年人以及长期卧床护理困难的患者，风险更高。另外，由于患者无法自主翻身、活动，呼吸道分泌物排出困难，易导致肺部感染，进一步加重病情。
4.终末期
这是疾病的最后阶段，患者处于深度昏迷，自主呼吸逐渐减弱，各种生命体征如血压、心率等逐渐不稳定，最终因呼吸、循环衰竭而死亡。在这一时期，患者家属需做好心理准备，同时医护人员会给予患者舒适护理，尽量减轻患者痛苦，让患者在生命最后阶段有尊严地度过。
