HPV由人乳头瘤病毒引起有多种亚型低危致良性病变高危与恶性肿瘤相关经性接触等传播感染表现多样低危生赘生物高危初期无症状需筛查，梅毒由梅毒螺旋体导致传播途径含性接触等分三期有不同临床表现实验室检查HPV用核酸检测梅毒用血清学试验筛查确诊辅助诊断。
一、病原体差异
HPV由人乳头瘤病毒引起，存在多种亚型，低危型可致生殖器疣等良性病变，高危型持续感染与宫颈癌等恶性肿瘤相关；梅毒由梅毒螺旋体导致，为厌氧螺旋体，具特殊螺旋结构。
二、传播途径不同
HPV主要经性接触传播，皮肤黏膜直接接触为主要方式，还可通过母婴传播（孕妇感染时胎儿经产道娩出可被感染）；梅毒传播途径包括性接触（最主要）、母婴传播（患梅毒孕妇可经胎盘传胎儿）及少数间接接触（如输血等）。
三、临床表现区别
HPV感染表现多样，低危型致在外生殖器等部位出现菜花状、乳头状赘生物（生殖器疣）；高危型持续感染初期多无症状，长期可引发宫颈上皮内瘤变乃至宫颈癌，病变部位无特异早期症状需靠筛查发现；梅毒分三期，一期为单个无痛性硬下疳（边界清晰、触之软骨样硬度），二期出现全身多部位皮疹（梅毒疹），累及多系统，三期可损害心血管、神经系统等重要脏器致严重器质性病变。
四、实验室检查差异
HPV检测采用核酸检测，采集病变部位细胞等标本检测是否存在HPV核酸序列以明确感染及亚型；梅毒实验室检查包括梅毒螺旋体血清学试验，RPR用于筛查，TPPA等用于确诊，通过检测血清中针对梅毒螺旋体的抗体辅助诊断及判断病情活动度。
