新生儿尿路感染由解剖因素（女婴尿道短且外口近肛门、男婴可能包茎易致细菌侵入）、生理因素（免疫系统发育不完善、抵抗力弱）、医源性因素（医疗操作不规范、长期留置导尿管易引感染）、血行感染（细菌可随血液循环达泌尿系统引发感染）等因素引起。
解剖因素：新生儿尿道短，女婴尿道短且外口暴露，接近肛门，易受粪便污染；男婴可能存在包茎等情况，这些解剖结构特点使得细菌容易侵入尿道并上行感染膀胱、肾脏等部位。女婴尿道长度约1cm，外口靠近肛门，大肠杆菌等肠道细菌很容易从肛门周围污染尿道进而引发感染；男婴若存在包茎，包皮内易积聚污垢，细菌滋生，也增加了尿路感染的风险。
生理因素：新生儿免疫系统发育尚不完善，对细菌的抵抗力较弱。例如，新生儿体内的免疫球蛋白含量相对较低，尤其是分泌型IgA，不能很好地在尿道局部发挥免疫防御作用，使得细菌更容易在泌尿系统定植并引发感染。
医源性因素：在新生儿医疗操作过程中，如导尿、膀胱镜检查等，如果操作不规范，可能会将细菌引入泌尿系统，导致尿路感染。例如，导尿时无菌操作不严格，就可能使尿道黏膜受损，细菌乘虚而入引发感染。此外，长期留置导尿管的新生儿，尿路感染的发生率显著增高，因为导尿管为细菌提供了在泌尿系统繁殖的通路。
血行感染：新生儿时期，细菌可通过血液循环到达泌尿系统引起感染。例如，新生儿患有败血症时，细菌可随血流到达肾脏等泌尿系统部位，从而引发尿路感染。这是因为新生儿皮肤、黏膜屏障功能较弱，当有局部感染灶时，细菌容易进入血液循环，而新生儿的肝脏等器官对细菌的清除能力相对有限，使得细菌有机会到达泌尿系统并定植。
