新生儿蛋白质不耐受会引发胃肠道症状（如呕吐、腹泻）、皮肤症状（如皮疹）、其他症状（如哭闹不安、生长发育受影响），出现一系列身体不适及对生长发育产生不利影响。
一、胃肠道症状
1.呕吐：新生儿蛋白质不耐受较为常见的症状之一是呕吐，可能表现为频繁的吐奶，吐出物多为奶液，有时可能含有少量胆汁。这是因为肠道对蛋白质消化吸收出现异常，导致胃肠道功能紊乱，引发呕吐反射。新生儿的胃肠道发育尚未完全成熟，当摄入含有不耐受蛋白质的食物后，更容易出现这种反应。
2.腹泻：大便次数增多是常见表现，大便性状可能多样，可为稀水样便、蛋花汤样便等。蛋白质不耐受会影响肠道的正常消化吸收功能，使肠道内水分和电解质平衡失调，从而导致腹泻。不同个体的腹泻程度可能有所不同，一些严重的蛋白质不耐受新生儿可能会出现大量水样腹泻，若不及时处理，可能会引起脱水等严重后果。
二、皮肤症状
1.皮疹：部分新生儿可能出现皮肤皮疹，如湿疹样皮疹。这是由于机体对不耐受的蛋白质产生免疫反应，引起皮肤的炎症性改变。皮疹可能出现在面部、颈部、躯干等部位，表现为皮肤发红、瘙痒、有小丘疹等。新生儿的皮肤较为娇嫩，对蛋白质不耐受导致的免疫反应更易在皮肤上体现出来。
三、其他症状
1.哭闹不安：新生儿因为身体不适，如胃肠道的不适或皮肤的瘙痒等，会出现哭闹不安的情况。由于无法用语言表达自身的痛苦，只能通过哭闹来传达，这也是蛋白质不耐受的一个常见表现。持续的哭闹可能会影响新生儿的进食和休息，进而影响其生长发育。
2.生长发育受影响：长期蛋白质不耐受会影响新生儿对营养物质的正常吸收，导致营养摄入不足，从而影响生长发育。表现为体重增长缓慢、身高增长落后于同龄儿等。因为蛋白质是新生儿生长发育所需的重要营养物质之一，无法正常消化吸收蛋白质会使身体缺乏必要的营养支持来维持正常的生长进程。
