急性肠胃炎若不及时治疗会引发脱水与电解质紊乱、营养不良、感染扩散、胃肠功能长期受损等问题，脱水与电解质紊乱会因频繁呕吐腹泻致水分及电解质丢失出现相应症状且儿童进展更快；营养不良因影响营养物质消化吸收致体重下降等；感染扩散可使细菌等病原体进入血液引发严重感染；胃肠功能长期受损会出现胃肠功能紊乱及留下慢性胃肠疾病隐患
营养不良
长期的急性肠胃炎不愈，会影响营养物质的消化吸收。患者摄入的食物不能被充分消化和吸收，身体无法获取足够的能量和各种营养成分，如蛋白质、维生素、矿物质等。这会导致患者体重下降、免疫力降低，儿童则可能出现生长发育迟缓等问题。因为胃肠道是营养物质消化吸收的主要场所，炎症状态下其功能受到破坏，影响了营养物质的代谢过程，使得身体处于营养不良的状态，进而影响各个器官系统的正常功能和生长发育。
感染扩散
急性肠胃炎若由细菌等病原体感染引起，不及时治疗可能导致感染扩散。例如，细菌可能通过肠道黏膜进入血液，引发败血症等严重感染性疾病。一些致病性强的细菌，如沙门氏菌、志贺菌等引起的急性肠胃炎，若未得到有效控制，病原体容易侵入血液循环，在血液中大量繁殖，产生毒素，导致全身炎症反应综合征，出现高热、寒战、意识障碍等严重表现。对于有基础疾病的患者，如糖尿病患者，感染扩散的风险可能更高，因为其自身免疫力相对较低，感染更容易加重和扩散。
胃肠功能长期受损
急性肠胃炎长期不愈还可能导致胃肠功能长期受损，出现胃肠功能紊乱，表现为消化不良、腹胀、腹痛、便秘或腹泻交替等症状。炎症对胃肠道黏膜的持续刺激和损伤，会影响胃肠道的正常蠕动和消化酶的分泌等功能，使得胃肠道的消化吸收和运动功能失调，即使炎症消退后，胃肠功能也需要较长时间来恢复，甚至可能留下慢性胃肠疾病的隐患。比如部分患者在急性肠胃炎后会长期存在消化功能不良的情况，影响生活质量和营养状况。
