新生儿消化不良可采用益生菌制剂、胃黏膜保护剂等药物干预，但首先应考虑非药物干预，如合理喂养（母乳喂养母亲注意饮食、人工喂养注意奶粉冲泡）和轻柔腹部按摩促进胃肠蠕动，且新生儿使用药物需在医生指导下进行，非药物干预是首选且安全有效方式。
一、益生菌制剂
新生儿消化不良可考虑使用益生菌制剂，如双歧杆菌三联活菌散等。益生菌能调节肠道菌群平衡，改善肠道功能，有研究表明其可有助于缓解新生儿消化不良相关症状，通过调整肠道内有益菌的比例，促进消化吸收，维持肠道正常的生理功能。但需注意新生儿使用益生菌应在医生指导下进行，因为不同个体情况有差异，要根据新生儿具体状况来判断是否适用及选择合适的益生菌种类。
二、胃黏膜保护剂
某些情况下可能会用到胃黏膜保护剂，像硫糖铝混悬凝胶等。胃黏膜保护剂可以在胃黏膜表面形成一层保护膜，减少胃酸等对胃黏膜的刺激，对于因消化不良导致胃黏膜可能受到一定影响的新生儿，可能有一定的保护作用，但同样需要严格遵循医生的建议使用，因为新生儿的胃肠功能和成人不同，药物的选择和使用都要谨慎考量其对新生儿的安全性和适用性。
三、非药物干预优先原则
对于新生儿消化不良，首先应考虑非药物干预。比如合理喂养，采用少量多次的喂养方式，避免过度喂养，因为新生儿的消化系统尚未发育完善，过度喂养容易引起消化不良。母乳喂养的新生儿，母亲的饮食也需要注意，要避免食用过于油腻、辛辣等可能影响乳汁质量从而导致新生儿消化不良的食物；人工喂养的新生儿，要注意奶粉的冲泡比例等是否合适。同时，还可以通过轻柔的腹部按摩来促进新生儿的胃肠蠕动，帮助消化，但按摩时要注意力度适中，按照顺时针方向轻轻按摩腹部，每次按摩时间不宜过长等，这些非药物干预措施对于新生儿消化不良往往是首选且安全有效的方式，能在一定程度上避免药物使用可能带来的潜在风险，充分考虑新生儿的生理特点和安全护理原则。
