新生儿接种疫苗可刺激机体产生特异性抗体及免疫记忆细胞来预防对应病原体感染，未接种则缺乏易感染且感染后风险高，接种疫苗有助于构建群体免疫屏障，未接种易致传染病流行使未接种新生儿感染风险上升，接种疫苗的新生儿发病概率低且症状轻，未接种的病情往往较重威胁更大。
一、疾病预防特异性免疫层面的区别
新生儿接种疫苗后，疫苗中的抗原成分会刺激机体免疫系统产生特异性抗体及免疫记忆细胞。例如接种乙肝疫苗，可使机体产生针对乙肝病毒表面抗原的特异性抗体，当乙肝病毒侵入时，特异性抗体能迅速发挥作用，中和病毒，从而有效预防乙肝病毒感染。而未接种疫苗的新生儿体内缺乏针对该疫苗所对应病原体的特异性免疫物质，一旦接触相应病原体，极易被感染，且感染后发病风险较高，如未接种乙肝疫苗的新生儿感染乙肝病毒后，发展为慢性乙肝携带状态的概率远高于接种过疫苗的新生儿。
二、群体免疫屏障构建层面的区别
接种疫苗有助于构建群体免疫屏障。当新生儿群体中大部分接种了某类疫苗，如脊髓灰质炎疫苗，可大幅降低脊髓灰质炎病毒的传播几率，因为病毒在人群中传播时，由于大部分个体具有免疫力，传播链被阻断，未接种疫苗的新生儿也能间接受到保护。反之，若大量新生儿未接种疫苗，群体免疫屏障不完整，传染病就容易在人群中传播流行，未接种疫苗的新生儿面临的感染风险会显著上升，甚至可能引发局部或大范围的传染病爆发。
三、疾病发生后健康影响层面的区别
接种疫苗的新生儿在接触对应病原体时，由于体内已有特异性免疫防御，发病概率低，即便发病，症状通常也相对较轻。例如接种流感疫苗的新生儿感染流感病毒后，多表现为轻微发热、咳嗽等，经适当护理后恢复较快。而未接种疫苗的新生儿感染相应病原体后，病情往往较重，可能出现高热不退、肺炎等严重并发症，对新生儿的健康威胁更大，甚至可能危及生命，如未接种百白破疫苗的新生儿感染百日咳杆菌后，更容易出现剧烈咳嗽、呼吸暂停等严重症状。
