非淋菌性尿道炎可由衣原体、支原体及其他病原体感染引发，衣原体主要经性接触传播，性活跃人群等感染风险高且女性更易受侵；支原体同样通过性接触传播，不洁性行为史等人群易感染；其他病原体中阴道毛滴虫可性接触传播，有基础疾病人群易感染，单纯疱疹病毒Ⅱ型相关人群及免疫低下者易感染，白色念珠菌在机体免疫失调时易引发，如女性孕期、长期大量用广谱抗生素人群易感染。
一、衣原体感染
衣原体是引起非淋菌性尿道炎的主要病原体之一，其中沙眼衣原体最为常见。性接触是其主要传播途径，在性活跃人群中，尤其是有多个性伴侣、不安全性行为的人群感染风险显著增加。青少年性活跃群体因性健康知识相对欠缺且性行为较活跃，感染衣原体引发非淋菌性尿道炎的风险较高；女性由于解剖结构特点，尿道短而宽，相比男性更易受沙眼衣原体侵袭导致感染。
二、支原体感染
解脲脲原体、人型支原体等支原体也是非淋菌性尿道炎的常见致病病原体，同样主要通过性接触传播。不注意性卫生等不良生活方式会增加感染几率，有不洁性行为史的人群感染支原体引发非淋菌性尿道炎的风险显著升高。部分患者若既往有尿道损伤病史等，局部防御功能受损，更易受支原体等病原体侵袭。
三、其他病原体感染
1.阴道毛滴虫：可通过性接触传播引发非淋菌性尿道炎，存在相关基础疾病（如糖尿病等）的人群，机体免疫力可能受影响，增加了感染阴道毛滴虫引发非淋菌性尿道炎的可能性。
2.单纯疱疹病毒：单纯疱疹病毒Ⅱ型等可引起非淋菌性尿道炎，有生殖器疱疹病史或接触过相关感染者的人群感染风险较高，免疫功能低下人群（如长期使用免疫抑制剂者）更易受其影响而发病。
3.白色念珠菌：当机体局部或全身免疫功能失调时，白色念珠菌可引发非淋菌性尿道炎，例如女性孕期因生理变化阴道微生态平衡可能被打破，就容易感染白色念珠菌导致非淋菌性尿道炎，此外，长期大量使用广谱抗生素的人群也因菌群失调增加了白色念珠菌感染引发非淋菌性尿道炎的风险。
