男性感染HPV16部分呈亚临床或潜伏感染无症状，部分会出现生殖器疣，长期高危感染有患阴茎癌等恶性肿瘤风险，自身免疫力状况是影响感染转归的重要因素，免疫力正常者可能清除病毒，低下者易持续感染致不良结局。
一、男性感染HPV16的无症状情况
男性感染HPV16后，相当一部分处于亚临床感染或潜伏感染状态，此时身体通常无明显的自觉症状，自身难以察觉感染情况，这类情况多因人体免疫系统可部分或暂时控制病毒复制，使病毒处于不活跃状态，在没有明显病变表现时，男性可能不会意识到感染HPV16。
二、男性感染HPV16的有症状情况——生殖器疣表现
部分男性感染HPV16后会出现生殖器疣，主要表现为生殖器部位出现异常增生物，形态多为菜花样、乳头样。好发部位包括阴茎、阴囊、肛周等部位。这些赘生物是由于HPV16病毒持续刺激局部细胞增殖所致，一般在感染后数周、数月甚至更长时间逐渐显现，初期可能较小，随着时间推移可能逐渐增大、增多。
三、长期高危型HPV16感染的潜在风险——恶性肿瘤风险
男性长期高危型HPV16持续感染存在增加阴茎癌等恶性肿瘤发生的风险，但这是一个相对漫长的过程。HPV16等高危型病毒的持续感染会引起细胞的异常增殖和恶变，不过这种情况并非必然发生，只有在病毒长期、持续且未被机体有效清除的情况下，才会逐步发展为恶性病变，而且其发生还可能受个体自身免疫力、其他潜在致癌因素（如吸烟等不良生活方式）等多种因素综合影响。
四、免疫力对男性感染HPV16转归的影响
男性自身免疫力状况是影响HPV16感染转归的重要因素。免疫力正常的男性，其免疫系统有较好的监视和清除能力，有可能通过自身免疫反应清除HPV16病毒，使感染自然转归；而免疫力低下的男性，如患有免疫缺陷疾病、长期使用免疫抑制剂等情况时，机体对HPV16病毒的清除能力减弱，更易出现HPV16的持续感染，进而增加出现生殖器疣及后续发生恶性肿瘤等不良结局的风险。
