严重心肺功能不全者进行肠镜检查易诱发心肺功能进一步恶化甚至危及生命，急性腹膜炎与肠穿孔患者检查可致感染扩散加重病情，严重肠道炎症患者行检易诱发病情加重，孕妇群体检查可能对胎儿造成不良影响，精神疾病无法配合者会致检查无法顺利进行甚至有意外，身体极度衰弱不耐受者检查风险过高，肠道严重粘连解剖不清者行检易致肠道穿孔等并发症，此类人群尽量不建议做肠镜。
一、严重心肺功能不全者
严重心肺功能不全患者，如重度心力衰竭、严重呼吸功能衰竭等，进行肠镜检查时，检查过程中的肠道准备操作及肠镜插入可能增加身体应激负担，易诱发心肺功能进一步恶化，甚至危及生命，故此类人群尽量不建议做肠镜。
二、急性腹膜炎与肠穿孔患者
急性腹膜炎患者腹腔内存在炎症渗出等情况，肠穿孔患者肠道完整性已破坏，此时进行肠镜检查可能导致感染扩散，加重病情，因此这类患者一般不建议行肠镜检查。
三、严重肠道炎症患者
当患者存在暴发性溃疡性结肠炎等严重肠道炎症时，肠道黏膜处于高度敏感且脆弱状态，行肠镜检查易诱发病情加重，如导致炎症扩散、出血加剧等，故此类患者尽量不建议做肠镜。
四、孕妇群体
孕妇属于特殊人群，孕期进行肠镜检查，可能因检查过程中的辐射（虽然现代肠镜多为低辐射，但仍有潜在风险）、肠道准备药物的可能影响以及检查操作带来的身体应激等，对胎儿造成不良影响，因此孕期一般不建议做肠镜。
五、精神疾病无法配合者
肠镜检查需要患者在检查过程中保持一定的体位配合等，若患者存在精神疾病无法配合检查，会导致检查无法顺利进行，甚至可能在检查过程中发生意外，如患者不自主躁动导致肠镜损伤肠道等，故这类患者尽量不建议做肠镜。
六、身体极度衰弱不耐受者
身体极度衰弱、无法耐受肠镜检查相关操作及应激的患者，如严重营养不良、多脏器功能衰竭终末期等情况，进行肠镜检查风险过高，可能无法承受检查带来的创伤，因此尽量不建议做肠镜。
七、肠道严重粘连解剖不清者
当患者存在严重肠道粘连导致肠道解剖结构不清时，行肠镜检查难以准确操作，极易导致肠道穿孔等严重并发症，所以此类患者尽量不建议做肠镜。
