梅毒晚期即三期梅毒，包括皮肤黏膜损害（有结节性梅毒疹、树胶肿等）、骨梅毒（累及长骨等引起疼痛等）、眼梅毒（致视力下降等）、心血管梅毒（感染后10-30年累及主动脉等出现相应症状）、神经梅毒（分多种类型，未及时规范治疗易发生）。
皮肤黏膜损害：
结节性梅毒疹：多见于头面部、肩背及四肢伸侧，为直径0.3-1cm左右的结节，质地硬，无疼痛及压痛，常呈簇集状、环状或蛇形排列，可自然吸收遗留萎缩性瘢痕。好发于成年男性，多与不良生活方式（如长期酗酒、吸烟等）及自身免疫力低下相关，若患者有梅毒病史且长期免疫力差则易出现。
树胶肿：为三期梅毒的典型表现，初为皮下小硬结，逐渐增大与皮肤粘连，形成浸润性斑块，中心逐渐软化破溃，排出黏稠树胶状脓汁，溃疡边缘整齐，呈穿凿性，愈后形成瘢痕。树胶肿可发生于全身各处，发生于头面部可毁形，发生于骨骼可破坏骨质等。
骨梅毒：可累及长骨、颅骨、肩胛骨等，引起骨膜炎、骨髓炎等。患者可出现骨骼疼痛，夜间或休息时疼痛明显，活动后可缓解，好发于有梅毒感染史且骨骼代谢活跃的人群，如青少年梅毒患者，因骨骼生长发育，梅毒累及后症状更明显。
眼梅毒：可引起虹膜睫状体炎、视网膜炎、间质性角膜炎等，导致视力下降甚至失明。有梅毒感染病史且未规范治疗的患者，眼组织易受梅毒螺旋体侵袭，女性患者在妊娠期感染梅毒未治疗时，胎儿眼组织也可能受影响出现眼梅毒。
心血管梅毒：多在感染梅毒10-30年后发生，主要累及主动脉，引起主动脉炎、主动脉瓣关闭不全、主动脉瘤等。患者可出现胸痛、心悸、呼吸困难等症状，男性患者相对更易发生心血管梅毒，可能与男性一些生活习惯及生理结构等因素有关，有梅毒病史且病程较长者需警惕。
神经梅毒：可分为无症状神经梅毒、脑膜神经梅毒、血管性神经梅毒、实质神经梅毒等。无症状神经梅毒患者无明显症状，但脑脊液检查异常；脑膜神经梅毒可出现头痛、颈项强直等；血管性神经梅毒可引起偏瘫、失语等；实质神经梅毒可出现进行性痴呆、脊髓痨等。任何年龄的梅毒患者，若未及时规范治疗，都有发生神经梅毒的可能，尤其长期免疫力低下者风险更高。
