新生儿室间隔缺损的发生与遗传因素、环境因素及其他因素有关。遗传因素包括染色体异常相关及单基因遗传倾向；环境因素有孕期感染、接触有害物质、不良生活习惯；其他因素涉及母亲孕期疾病及胚胎发育早期的异常，这些因素干扰心脏发育过程致室间隔形成障碍。
一、遗传因素
1.染色体异常相关：某些染色体数目或结构的异常可能与新生儿室间隔缺损的发生有关。例如，21-三体综合征（唐氏综合征）患儿常伴有室间隔缺损等心脏畸形，研究发现其染色体上相关基因的异常表达或缺失等情况，干扰了心脏发育过程中的正常调控机制，使得心脏在胚胎发育阶段室间隔的形成出现障碍。
2.单基因遗传倾向：部分室间隔缺损可能与特定的单基因遗传有关。存在一些特定的致病基因，当这些基因发生突变时，会影响心脏胚胎发育过程中的关键信号通路或结构蛋白的合成，从而导致室间隔在形成时出现缺损。不过单基因遗传导致的室间隔缺损相对较为少见，但也是病因的一个重要方面。
二、环境因素
1.孕期感染：母亲在妊娠早期如果感染某些病毒，如风疹病毒、巨细胞病毒等，病毒可通过胎盘影响胚胎心脏的发育。例如，孕妇在妊娠前3个月内感染风疹病毒，胎儿发生室间隔缺损等心脏畸形的风险会显著增加。病毒感染可能干扰心脏发育过程中的细胞分化、增殖和组织器官的形成，使得室间隔的发育受到阻碍。
2.孕期接触有害物质：母亲在孕期接触一些有害物质，如某些化学毒物（如汞、铅等）、放射性物质等，也可能增加新生儿室间隔缺损的发生风险。这些有害物质可能通过胎盘进入胎儿体内，干扰胎儿心脏的正常发育过程，影响室间隔的正常形成。
3.孕期不良生活习惯：孕妇孕期吸烟、酗酒等不良生活习惯也与新生儿室间隔缺损有关。吸烟产生的尼古丁等有害物质会导致胎盘血管收缩，影响胎儿的血液供应，进而影响心脏发育；酗酒则可能使胎儿受到酒精的毒性作用，干扰心脏发育的关键环节，增加室间隔缺损等心脏畸形的发生几率。
三、其他因素
1.母亲孕期疾病：母亲在孕期患有某些疾病，如糖尿病等，也会增加新生儿室间隔缺损的发生风险。糖尿病母亲体内的高血糖环境可能影响胚胎的代谢过程，干扰心脏发育相关的生化途径，导致室间隔在发育过程中出现异常。
2.胚胎发育早期的异常：在胚胎发育的早期阶段，如心脏形成的关键时期（受孕后3-8周），任何影响心脏正常发育的因素都可能导致室间隔缺损。这一时期心脏的各个结构正在逐步分化和融合，若受到上述各种遗传、环境等因素的干扰，就容易出现室间隔的发育不全或融合障碍，从而形成室间隔缺损。
