早期自然流产的原因包括染色体异常、母体因素、父亲因素和环境因素。染色体异常是早期自然流产常见原因，有数目和结构异常；母体因素有内分泌异常（黄体功能不全、甲状腺功能异常）、免疫功能异常（自身免疫性疾病、同种免疫异常）、生殖器官异常（子宫畸形、子宫肌瘤、宫颈机能不全）；父亲精子染色体异常可能因不良生活方式导致；环境因素有化学物质接触（苯、甲醛等）和物理因素（放射线、高温）影响胚胎发育致流产。
母体因素
内分泌异常：如黄体功能不全，黄体分泌的孕酮不足，不能维持妊娠黄体的寿命，导致子宫内膜发育不良，影响胚胎着床和发育，从而引起早期自然流产。有研究显示，黄体功能不全的女性早期自然流产发生率可高达30%-40%。甲状腺功能异常也是一个因素，甲状腺功能减退或亢进都可能影响胚胎的正常发育，甲状腺功能减退时，甲状腺激素分泌不足，会影响胚胎的生长发育环境；甲状腺功能亢进时，过高的甲状腺激素水平也会对妊娠产生不利影响。
免疫功能异常：自身免疫性疾病患者，如系统性红斑狼疮等，体内存在自身抗体，这些抗体可能攻击胚胎，导致早期自然流产。同种免疫异常也较为常见，母体对胚胎的免疫耐受不足，母体免疫系统将胚胎视为外来物质进行攻击，从而引发流产。例如，母胎界面免疫调节失衡时，就可能出现这种情况。
生殖器官异常：子宫畸形，如纵隔子宫、双角子宫等，会影响子宫腔的形态和容积，不利于胚胎着床和发育。子宫肌瘤，尤其是黏膜下子宫肌瘤，会影响宫腔内环境，阻碍胚胎种植。宫颈机能不全，在妊娠中晚期可能出现宫颈扩张导致流产，但在早期也可能因宫颈结构或功能异常影响妊娠维持，导致早期自然流产。
父亲因素
父亲的精子染色体异常也可能导致早期自然流产。虽然相较于母亲因素，父亲因素导致早期自然流产的比例相对较低，但也不容忽视。精子染色体异常可能是由于父亲的不良生活方式，如长期吸烟、酗酒、接触放射性物质或化学毒物等引起的，这些因素会导致精子质量下降，染色体发生突变或异常，从而增加胚胎染色体异常的风险，引发早期自然流产。
环境因素
化学物质接触：女性在妊娠早期接触某些化学物质，如苯、甲醛、农药等，这些化学物质可能通过胎盘影响胚胎发育，导致染色体畸变，引发早期自然流产。例如，长期接触苯的女性，其发生早期自然流产的风险会增加。
物理因素：过多接触放射线，如孕期进行了不必要的X线检查等，放射线会对胚胎细胞造成损伤，影响胚胎的正常发育，增加早期自然流产的几率。高温环境也可能对胚胎产生不良影响，如长时间处于高温工作环境或泡热水澡等，可能干扰胚胎的正常生长环境，导致流产。
