功能性消化不良严重程度需综合多方面评估，多数患者主要症状为消化不良相关表现，对生命一般无直接威胁但不规范管理会反复迁延；从病情进展看短期影响较小、长期可能致心理问题但多可控制；不同人群有差异，儿童影响生长发育但及时干预可恢复，老年需警惕合并其他疾病，女性特殊时期易加重症状但积极干预可控制；需与器质性疾病鉴别，排除后者后其严重程度相对局限于消化不良症状影响范畴内。
从病情进展角度
短期影响：短期内主要是消化不良相关症状对进食、体力等产生影响，比如因腹胀、早饱可能导致进食量减少，进而引起营养摄入不足等情况，但通常通过调整饮食、服用一些对症的促胃肠动力药物等，症状可得到一定缓解，对健康的短期威胁较小。
长期影响：少数患者可能会因为长期的消化不良症状，导致心理状态发生变化，出现焦虑、抑郁等情绪问题，而心理因素又可能进一步加重消化不良症状，形成恶性循环。不过，这种情况相对较少见，大部分患者经过合理的干预能够较好地控制症状。
不同人群的差异
儿童人群：儿童功能性消化不良可能会影响其生长发育，因为消化功能异常会导致营养吸收障碍。但只要及时发现并采取合适的干预措施，如调整饮食结构、培养良好的进食习惯等，多数儿童能够恢复正常的消化功能，一般也不会发展为严重的器质性病变。不过，由于儿童处于生长发育阶段，需要特别关注其营养状况，若长期消化不良可能会对身高、体重增长等产生一定影响。
老年人群：老年人患功能性消化不良时，需要警惕是否合并有其他器质性疾病，因为老年人的身体机能衰退，一些潜在的疾病可能会以消化不良的症状表现出来。例如，老年人可能同时患有心血管疾病等，此时消化不良可能只是其中一个伴随症状，需要综合评估。而且老年人的消化功能本身较弱，消化不良症状可能会影响其生活自理能力和营养状况，相对来说需要更加谨慎地进行管理。
女性人群：女性在生理期等特殊时期，体内激素水平变化可能会影响胃肠功能，导致功能性消化不良症状加重。同时，女性可能更关注自身的身体不适，心理压力相对较大，也可能会使消化不良症状更易反复。但总体而言，只要积极调整生活方式和进行合理干预，大多可以控制症状，一般不会发展为严重的危及生命的情况。
与其他疾病的鉴别角度
功能性消化不良需要与胃溃疡、十二指肠溃疡、胆囊炎、胰腺炎等器质性疾病相鉴别。如果是器质性疾病引起的类似消化不良症状，若未得到及时有效的治疗，可能会导致病情进展，出现严重的并发症，如胃溃疡可能并发胃出血、穿孔等，相比之下，功能性消化不良本身一般不会引发这些严重的器质性并发症，但需要通过相关检查排除器质性疾病后才能明确诊断为功能性消化不良，所以从鉴别诊断的角度也能体现其严重程度的相对特征，即只要排除了严重的器质性疾病，其严重程度相对局限在消化不良症状本身的影响范畴内。
