功能性胃肠病有自愈的可能性。
对于一些症状较轻、病程较短，且由明确的生活方式因素诱发的功能性胃肠病，通过调整生活方式，有可能自愈。例如，因近期进食过多辛辣、油腻食物导致胃肠功能短暂紊乱，出现轻度腹胀、消化不良等症状，在调整饮食结构，以清淡、易消化食物为主，避免刺激性食物后，胃肠道功能可能逐渐恢复正常，症状随之缓解、消失。另外，因短期精神压力大、焦虑等情绪问题引起的功能性胃肠病，当精神心理状态调整好后，胃肠症状也可能自行改善。
但是，如果功能性胃肠病症状严重，持续时间较长，或者存在明显的精神心理障碍，一般难以自愈。这类患者的胃肠功能紊乱较为严重，可能已经形成了一种相对稳定的病理生理状态，仅靠自身的调节很难恢复。
对于患者，需要遵医嘱使用奥美拉唑、胶体果胶铋等药物，能够保护胃黏膜，减轻不适。
