新生儿腹泻的原因较为复杂，可能和饮食因素、过敏因素、气候因素、先天因素、感染因素等有关。
1.饮食因素
新生儿消化系统发育尚不完善，如果喂养不当极易引发腹泻。例如，母乳喂养时母亲食用过多油腻、刺激性食物，乳汁成分改变，可能导致新生儿消化不良；人工喂养时，奶粉冲调过浓或过稀，不符合新生儿胃肠道消化吸收能力；过早添加辅食，新生儿肠道无法适应，都可能引起腹泻。
2.过敏因素
部分新生儿可能对牛奶蛋白、大豆蛋白等食物过敏，食用相关食物后，免疫系统将其识别为外来抗原，引发免疫反应，导致肠道黏膜水肿、渗出，出现腹泻，常伴有皮疹、呕吐等表现。
3.气候因素
环境温度变化可影响新生儿肠道功能。腹部受凉会使肠道蠕动增加，导致消化吸收不良；天气炎热时，新生儿出汗多，如果水分补充不足，也可能影响胃肠道消化液分泌，引起腹泻。
4.先天因素
少数新生儿存在先天性肠道疾病，如先天性乳糖酶缺乏，无法消化母乳或奶粉中的乳糖，乳糖在肠道内被细菌分解发酵，产生气体和酸性物质，刺激肠道引起腹泻；还有先天性巨结肠等肠道结构异常疾病，也会导致排便异常、腹泻与便秘交替出现。
5.感染因素
病毒感染是新生儿腹泻的常见病因，其中轮状病毒、诺如病毒较为多见，病毒侵袭肠道后，会损伤肠黏膜细胞，影响肠道对水分和营养物质的吸收，导致腹泻。细菌感染如大肠埃希菌、沙门菌等，通过污染的食物、水或接触传播，细菌在肠道内大量繁殖并产生毒素，刺激肠道蠕动加快，引发腹泻，同时可能伴有发热、呕吐等症状。真菌感染则多发生于长期使用抗生素或存在免疫缺陷的新生儿，白色念珠菌是主要致病菌，会引起肠道黏膜炎症，导致腹泻。
当新生儿发生肺炎、败血症等肠道外感染时，也可能出现腹泻症状。这是由于感染导致机体产生的毒素作用于肠道，或感染引起的发热、代谢紊乱影响了肠道正常功能，从而出现腹泻。
