药物流产对身体有诸多危害，包括可能出现阴道流血时间长、出血量多于月经量致贫血等出血问题；存在约10%左右的流产不全风险，可能需清宫并增加子宫穿孔、宫腔粘连等风险；因阴道流血时长易滋生细菌致感染，本身有生殖道炎症者风险更高；会影响内分泌致月经紊乱，部分女性恢复时间长；还可能增加再次妊娠发生前置胎盘、胎盘粘连等不良妊娠结局的风险。
流产不全风险：药物流产存在流产不全的可能，发生率约为10%左右。如果妊娠组织物未完全排出，会影响子宫收缩，导致持续出血、感染等情况。若发生流产不全，可能需要进行清宫手术，清宫手术会进一步增加子宫穿孔、宫腔粘连等风险。对于有多次宫腔操作史的女性，流产不全后清宫导致宫腔粘连的风险相对更高。
感染风险：由于阴道流血时间长，细菌容易滋生，增加了感染的几率，可引起子宫内膜炎、盆腔炎等。如果发生感染，可能出现发热、腹痛、阴道分泌物异常等症状。本身有生殖道炎症的女性，药物流产后感染的风险会明显升高。
对内分泌的影响：药物流产使用的药物会影响人体内分泌系统，可能导致月经紊乱，出现月经周期改变、月经量异常等情况。一般在药物流产后3个月左右，月经可逐渐恢复，但部分女性可能需要更长时间才能恢复正常内分泌，尤其是本身内分泌易紊乱的女性，如患有多囊卵巢综合征的女性，药物流产后月经紊乱的情况可能更严重。
对再次妊娠的影响：有研究表明，药物流产后再次妊娠发生前置胎盘、胎盘粘连等不良妊娠结局的风险可能增加。对于有生育计划的女性，药物流产后需要一定时间让身体恢复，在此期间如果再次妊娠出现上述不良结局的风险需要重视。
