自然流产干净可通过阴道出血情况改善（逐渐减少直至停止）、腹痛症状缓解（从剧烈阵发性腹痛转为轻微不适直至消失）、超声检查宫腔内无残留组织、血β-HCG逐渐下降至正常范围来判断，且不同个体有相应特点，流产后生活方式影响身体恢复及血β-HCG变化。
腹痛症状缓解
腹痛症状会逐渐减轻并消失。自然流产过程中子宫收缩排出胚胎等组织会引起腹痛，当流产干净后，子宫收缩逐渐恢复正常节奏，腹痛程度会明显减轻，从较为剧烈的阵发性腹痛转变为偶尔轻微的腹部不适，直至腹痛完全消失。这是由于子宫内无残留组织刺激，收缩恢复正常生理状态导致腹痛缓解。
超声检查表现
通过超声检查可直观看到宫腔内无残留组织。超声下正常的宫腔内为均匀的内膜回声，无异常的团块状或不均质回声等残留组织表现。对于怀疑自然流产是否干净的女性，超声检查是重要的判断方法，一般在自然流产后1-2周进行超声复查，若宫腔内未见妊娠囊、胚物等残留结构，提示流产干净。不同个体的子宫大小、内膜厚度等因年龄、生育史等因素有所不同，但超声下残留组织的异常回声具有相对统一的判断标准。例如年轻未育女性与经产妇，在超声判断残留时，主要依据宫腔内是否存在异常回声团等情况，经产妇由于子宫可能有一定程度改变，但超声判断残留的核心标准是一致的。
血β-HCG变化情况
血β-HCG水平逐渐下降至正常范围。自然流产后，血β-HCG会随着胚胎组织的排出而逐渐下降，一般在流产干净后，血β-HCG会以一定的规律下降，通常在流产后2-4周左右恢复至正常未孕时的水平（不同检测机构参考值略有差异，但一般＜5mIU/ml）。年龄较大的女性身体恢复相对可能稍慢，但血β-HCG的下降趋势仍遵循一定规律，若血β-HCG下降缓慢或持续不降甚至升高，需警惕残留组织的可能。生活方式方面，流产后良好的休息等生活方式有助于身体恢复，利于血β-HCG的正常下降过程，而不良生活方式可能影响身体恢复，干扰血β-HCG的正常变化。
