手足口病病原学上EV71较其他肠道病毒更易引发重症且神经组织亲和力及致病性强，临床分普通型（有皮疹疱疹伴发热等、病情平稳可康复）和重症型（有神经呼吸循环系统症状、进展快可危及生命），人群易感性上5岁以下尤其是3岁以下为高发人群且免疫缺陷者病情易加重预后差，地区流行因多种因素不同优势毒株及流行特点等有差异。
一、病原学差异
手足口病主要由肠道病毒引起，常见病原体包括肠道病毒71型（EV71）、柯萨奇病毒A组16型（CVA16）等。EV71感染相较于CVA16等其他肠道病毒更易引发重症病例，如EV71感染常可导致神经系统受累等严重表现，而CVA16引起的重症病例相对较少，这是因EV71的致病机制和毒力特性与其他病原存在差异，科学研究显示EV71在神经组织中的亲和力及致病性更强。
二、临床分型差异
（一）普通型手足口病
主要表现为手、足、口、臀等部位出现皮疹、疱疹，多伴有发热，体温一般在38℃左右，皮疹通常无明显瘙痒，疱疹内液体较少，整体病情进展相对平稳，经对症支持治疗后多可在1～2周内康复，此型多见于感染毒力较弱或病毒载量较低的患儿。
（二）重症型手足口病
可出现神经系统症状，如精神差、嗜睡、易惊、肢体抖动、抽搐等；呼吸系统症状，表现为呼吸急促、呼吸困难、口唇发绀等；循环系统症状，可见面色苍白、皮肤花纹、心率增快或减慢等，重症型病情进展迅速，若不及时干预可危及生命，常见于EV71等强毒力病原感染的患儿，尤其3岁以下儿童发生重症的风险更高。
三、人群易感性差异
5岁以下儿童，尤其是3岁以下儿童为手足口病的高发人群，这与该年龄段儿童免疫系统发育尚不完善，对肠道病毒的抵抗力较弱有关。而年长儿感染后，由于机体已有一定免疫基础，多数表现为普通型，症状相对较轻。另外，不同免疫状态的人群也有差异，如免疫缺陷患儿感染手足口病后，病情可能更易加重且预后较差，需特别关注。
四、地区流行差异
不同地区由于人群密集程度、卫生条件、气候环境等因素不同，手足口病的优势流行毒株可能存在差异，导致当地手足口病的流行特点、发病年龄分布及重症发生情况等有所不同。例如，某些地区可能因EV71流行更为广泛，重症病例占比相对较高，而另一些地区CVA16等病原流行更突出，重症表现相对少见，这些差异是由当地的病毒传播特征及人群免疫状况等多种因素综合决定的。
