脑膜炎可能会留下后遗症，其发生与病原体类型、病情严重程度、治疗是否及时规范及患者年龄等因素密切相关，部分轻症患者可完全恢复，重症或延误治疗者则可能遗留长期神经功能损害。
脑膜炎是脑膜受病原体感染引发的炎症，病原体侵袭脑实质或影响脑脊液循环时，易导致神经细胞损伤。病毒性脑膜炎如果症状较轻、治疗及时，多数患者可痊愈，后遗症较少；但疱疹病毒等引起的重症病例，可能遗留癫痫、认知障碍。细菌性脑膜炎病情进展快，如果未及时使用敏感抗生素，可能因脑组织缺血、水肿或脓肿形成，导致听力丧失、肢体瘫痪、智力低下等，婴幼儿和老年人因免疫及代偿能力较弱，更易出现后遗症。
此外，结核性脑膜炎如果治疗不彻底，可引发脑积水、颅神经麻痹等。早期诊断和规范治疗可明显降低后遗症发生率。
