天生黑眼圈由遗传因素、眼部结构因素、色素沉着相关因素、血管因素导致，遗传使个体易获相关基因致色素沉着等，眼部结构致皮肤薄血管色易透出，胚胎发育致色素异常沉着，血管丰富表浅致血液色易显现，不同年龄段均可能受影响且情况相对固定
眼部结构因素
眼部的解剖结构也可能导致天生黑眼圈。比如，有些人眼部皮肤较薄，皮下的血管颜色更容易透出来，使眼部呈现出darker的外观，看起来像黑眼圈。婴幼儿由于眼部皮肤相对更薄嫩，这种情况可能更为明显。随着年龄增长，眼部结构相对稳定，但先天的较薄皮肤结构可能一直存在，从而导致天生黑眼圈的情况持续。
色素沉着相关因素
先天性的色素沉着异常也会引发天生黑眼圈。在胚胎发育过程中，如果眼部周围的色素细胞发育出现异常，就可能导致局部色素过度沉着，形成黑眼圈。不同种族的人群可能在色素沉着方面存在差异，某些种族可能天生眼部周围更容易出现相对较深的色素表现，这也与遗传和自身的生理结构有关。对于儿童来说，胚胎发育阶段的异常可能就已经决定了其天生黑眼圈的情况，而成年后这种由于先天色素沉着导致的黑眼圈不会有明显变化。
血管因素
眼部血管的分布及特征也可能是天生黑眼圈的原因之一。如果眼部的血管相对丰富且表浅，血液的颜色就更容易显现出来，从外观上看就像是黑眼圈。例如，有些人眼部的静脉血管相对明显，使得眼部周围呈现出较暗的色调。这种血管因素导致的天生黑眼圈在不同年龄阶段都可能存在，婴幼儿时期眼部血管的发育特点可能就决定了部分天生黑眼圈的情况，随着年龄增长，血管情况相对稳定，黑眼圈表现也相对固定。
