卵巢巧克力囊肿形成与子宫内膜异位种植、免疫因素、遗传因素、内分泌因素相关，经血逆流致异位内膜在卵巢出血形成囊肿，免疫异常致异位内膜难清除，遗传使患病风险增，雌激素异常升高促异位内膜生长，育龄女性高发
子宫内膜异位种植：经血逆流是较为重要的因素，女性在月经期间，子宫内膜腺上皮和间质细胞可随经血通过输卵管逆流进入盆腔，种植在卵巢表面及盆腔其他部位，随后这些异位的子宫内膜会像正常的子宫内膜一样，随着月经周期而出血，由于在卵巢内的出血无法排出体外，日积月累形成囊肿，因囊内液体类似巧克力样色泽，故称为卵巢巧克力囊肿。这种情况在有经血逆流倾向的女性中更易发生，比如本身存在生殖道畸形导致经血排出不畅的女性，就增加了经血逆流的风险。
免疫因素：人体的免疫系统在正常情况下能够识别和清除异位的子宫内膜组织，但当免疫系统出现异常时，就可能无法有效清除这些异位的内膜。例如，某些自身免疫性疾病患者，免疫系统功能紊乱，对异位内膜的识别和清除能力下降，使得异位内膜得以在卵巢等部位存活并生长，进而形成巧克力囊肿。
遗传因素：有研究表明，卵巢巧克力囊肿具有一定的遗传倾向。如果家族中有亲属患有卵巢巧克力囊肿，那么个体患病的风险可能会增加。遗传因素可能通过影响基因表达等方式，使个体更容易发生子宫内膜异位相关的病变，从而引发卵巢巧克力囊肿。比如家族中母亲或姐妹患有该病，其女儿或其他女性亲属患病几率相对普通人群有所升高。
内分泌因素：子宫内膜的生长受雌激素的影响，雌激素可促进子宫内膜增生。在一些情况下，体内雌激素水平异常升高，会刺激异位的子宫内膜生长。例如长期服用含有雌激素的药物、患有内分泌疾病导致雌激素分泌紊乱等情况，都可能促使异位内膜在卵巢部位不断生长，最终形成囊肿。育龄期女性由于体内雌激素水平相对较高，也是卵巢巧克力囊肿的高发人群。
