子宫纵隔的成因主要包括胚胎发育异常（妊娠早期约4-6周双侧副中肾管融合过程受遗传等因素干扰出现障碍致纵隔形成）、遗传因素（家族有子宫纵隔病史后代发病概率相对增加，与其他因素共同作用）、内分泌因素（胚胎发育关键时期激素水平异常致雌激素、孕激素等分泌失衡干扰子宫正常分化融合，不同年龄段及有内分泌疾病史女性易受影响）
胚胎发育异常：在胚胎发育时期，双侧副中肾管融合过程出现异常。正常情况下，双侧副中肾管融合后会形成单一的宫腔，但如果融合过程中出现障碍，就可能导致纵隔的形成。这一过程受遗传等多种因素影响，例如某些基因的突变可能干扰副中肾管的正常融合，从而增加子宫纵隔发生的风险。从胚胎发育的时间线来看，一般在妊娠的早期阶段（约第4-6周），副中肾管开始融合等一系列复杂的发育过程，任何干扰该过程的因素都可能引发子宫纵隔。
遗传因素：有研究表明，子宫纵隔具有一定的遗传倾向。如果家族中有子宫纵隔的病史，那么后代发生子宫纵隔的概率可能会相对增加。例如，某些家族性的基因缺陷可能会传递给下一代，影响子宫的正常发育，导致纵隔的形成。不过，遗传因素并不是唯一的致病因素，它通常是与其他环境等因素共同作用来影响子宫纵隔的发生。
内分泌因素：在胚胎发育过程中，内分泌环境对子宫的发育起着重要作用。如果在关键时期，体内的激素水平出现异常，如雌激素、孕激素等分泌失衡，可能会干扰子宫的正常分化和融合过程。例如，雌激素水平过高或孕激素水平不足等情况，都可能影响副中肾管的融合，进而导致子宫纵隔的形成。不同年龄段的女性，其内分泌状态不同，青春期女性内分泌系统尚不稳定，孕期女性内分泌环境发生巨大变化，这些时期都可能因为内分泌因素而增加子宫纵隔发生的风险。对于有内分泌疾病史的女性，如多囊卵巢综合征等，其体内激素紊乱的情况可能会进一步加重子宫纵隔发生的可能性。
