宫颈囊肿分为生理性和病理性。生理性原因包括鳞状上皮覆盖腺管口致分泌物潴留，以及宫颈局部损伤或慢性炎症致腺管堵塞；病理性原因有宫颈上皮内瘤变或宫颈癌致腺管受侵堵塞，还有特殊感染因素如HPV持续感染、沙眼衣原体等感染参与形成。
一、生理性宫颈囊肿的原因
（一）鳞状上皮覆盖腺管口
在女性的宫颈转化区中，鳞状上皮取代柱状上皮的过程里，新生的鳞状上皮可能会覆盖宫颈腺管口，或者深入腺管，导致腺管堵塞，使得腺体分泌物引流受阻，逐渐潴留形成囊肿。这种情况在青春期、生育期女性中较为常见，主要是由于体内激素水平变化影响宫颈上皮的正常转化过程。
（二）宫颈局部损伤或慢性炎症
女性在一些情况下，如流产、分娩、宫腔操作等导致宫颈局部损伤后，宫颈的修复过程中也可能引发腺管堵塞形成囊肿。另外，长期的慢性宫颈炎，如宫颈管炎等，炎症刺激使得宫颈腺管周围的纤维组织增生，进而压迫腺管，影响其正常的分泌和引流功能，也会促使宫颈囊肿的形成。这种情况在有过宫腔操作史、性生活频繁且不注意卫生的女性中相对更易发生。
二、病理性宫颈囊肿的原因
（一）宫颈上皮内瘤变或宫颈癌
某些宫颈上皮内瘤变（如高级别鳞状上皮内病变等）或者宫颈癌变过程中，肿瘤细胞可能会累及宫颈腺体，导致腺管受侵而发生堵塞，从而形成囊肿。这类情况在有宫颈病变高危因素的女性中需要高度警惕，比如有多个性伴侣、过早开始性生活、长期口服避孕药等的女性，相对发生宫颈上皮内瘤变甚至宫颈癌的风险较高，进而可能引发病理性宫颈囊肿。
（二）特殊感染因素
一些特殊病原体感染宫颈，如人乳头瘤病毒（HPV）持续感染，尤其是高危型HPV感染，会引起宫颈上皮的异常病变，影响宫颈腺体的正常功能，增加宫颈囊肿形成的可能性。另外，沙眼衣原体、淋病奈瑟菌等病原体感染宫颈，导致宫颈局部炎症反应，也可能参与宫颈囊肿的病理性形成过程。
