脑血栓首诊通常为神经内科，医生可通过神经系统体格检查、头部影像学检查等明确脑部病变情况并制定治疗方案，若患者突发如一侧肢体无力等紧急症状应去急诊科初步评估和紧急处理，部分大型医院卒中中心作为多学科协作诊疗平台能快速对脑血栓患者进行评估、检查和开展溶栓、取栓等治疗以挽救脑组织改善预后。
一、神经内科
脑血栓是由于脑血管内血栓形成导致局部脑组织缺血、缺氧、坏死而引起的一系列神经功能缺损症状，属于神经系统的常见疾病，因此首诊科室通常为神经内科。神经内科医生具备专业的知识和技能来对脑血栓进行诊断，例如通过神经系统体格检查、头部影像学检查（如头颅CT、MRI等）明确脑部病变情况，进而制定相应的治疗方案，如评估是否适合溶栓治疗等。
二、急诊科
如果患者是突然出现脑血栓相关的紧急症状，像突发的一侧肢体无力、言语不清、口角歪斜等，此时情况较为危急，应立即前往医院急诊科就诊。急诊科能够迅速对患者进行初步评估和紧急处理，比如快速进行头颅CT等检查以排除脑出血等其他类似急症，并为后续及时转入神经内科等科室进行规范治疗争取时间。
三、卒中中心
部分大型医院设有卒中中心，这是一个多学科协作的诊疗平台，专门针对急性脑血管疾病包括脑血栓进行快速诊治。患者可以直接前往卒中中心，这里有神经内科、神经外科、影像科等多学科团队协同工作，能够高效地完成对脑血栓患者的评估、检查和治疗，比如在适宜的时间窗内开展溶栓、取栓等治疗措施，最大程度挽救患者脑组织，改善预后。
