子宫腺肌症确切病因未完全明确，主要与子宫肌层损伤（多次妊娠分娩、人工流产、慢性子宫内膜炎致肌层损伤促使基底层内膜细胞增生侵入肌层）、雌激素水平影响（雌激素异常升高刺激内膜向肌层生长增加患病几率）、遗传因素（具遗传易感性，家族有亲属患病个体风险高于普通人群）、子宫肌层干细胞异常（干细胞异常致内膜组织侵入肌层引发该病，具体机制等需深入研究）相关
子宫肌层损伤：多次妊娠及分娩、人工流产、慢性子宫内膜炎等造成子宫肌层损伤，可促使基底层子宫内膜细胞增生并侵入肌层，这是引发子宫腺肌症的重要因素。例如，有过多次剖宫产史的女性，子宫肌层受损，子宫腺肌症的发病风险会显著增加；反复人工流产手术会对子宫内膜和肌层造成创伤，也可能诱发子宫腺肌症。
雌激素水平影响：雌激素可促进子宫内膜腺体和间质的增生。女性体内雌激素水平异常升高时，会刺激子宫内膜向肌层生长，从而增加患子宫腺肌症的几率。在育龄期女性中，由于体内雌激素处于相对活跃的状态，若存在雌激素相关的异常情况，更易发生子宫腺肌症。
遗传因素：有研究表明，子宫腺肌症具有一定的遗传易感性。如果家族中有亲属患有子宫腺肌症，那么个体患病的风险可能会高于普通人群。不过，目前对于具体的遗传方式和相关基因等还在进一步的研究探索中。
子宫肌层干细胞异常：子宫肌层中的干细胞可能出现异常，导致其向子宫内膜间质细胞分化的过程发生改变，进而促使子宫内膜组织侵入肌层，引发子宫腺肌症。但关于子宫肌层干细胞异常的具体机制以及与其他因素的关联等还需更深入的研究来阐明。
