流行性乙型脑炎初期起病急骤体温可迅速攀升伴头痛恶心呕吐等持续1-3天，极期有高热持续时间较长、意识障碍、惊厥抽搐及呼吸衰竭为重症主要死因，恢复期体温渐降至正常神经症状开始好转但部分有恢复期症状，后遗症期6个月后仍存精神神经症状如失语等。
一、初期
起病较为急骤，体温可在1~2天内迅速攀升至39~40℃，同时伴有头痛、恶心、呕吐等症状，部分患者会出现精神倦怠或嗜睡表现，此阶段持续1~3天。
二、极期
（一）高热
体温多持续在39~40℃以上，且高热持续时间一般为7~10天，体温越高、持续时间越长，病情往往越严重。
（二）意识障碍
表现为嗜睡、谵妄、昏迷等，意识障碍程度及持续时间与病情轻重和预后密切相关，儿童患者可能更易出现迅速进展的意识障碍情况。
（三）惊厥或抽搐
多因高热、脑实质炎症及脑水肿等因素引发，可为局部小抽搐，进而发展为全身抽搐，频繁抽搐可导致发绀甚至呼吸暂停，儿童患者由于神经系统发育特点，惊厥或抽搐相对更为常见且需重点关注。
（四）呼吸衰竭
是重症流行性乙型脑炎患者的主要死亡原因，主要表现为呼吸节律不规则，如呼吸快慢不均、暂停、叹息样呼吸等，以及呼吸幅度不均等，同时可伴有发绀、瞳孔变化等表现。
三、恢复期
体温逐渐下降至正常，精神神经症状开始好转，但部分患者仍会存在一些恢复期症状，如精神萎靡、肢体瘫痪、吞咽困难、失语等，一般经积极康复等处理后可逐步改善，但恢复时间长短不一。
四、后遗症期
患病6个月后仍存在精神神经症状，常见的有失语、肢体瘫痪、痴呆、癫痫发作等，严重影响患者的生活质量，其中儿童患者在后遗症期可能面临更长期的康复及生活适应问题。
