流感起病多较急全身症状显著有高热等且呼吸道症状轻儿童全身症状更典型进展快，支原体起病相对较缓发热可持数周体温可高可低咳嗽为突出表现全身中毒症状较流感轻；流感常有明显流行趋势通过飞沫传播冬春季高发各年龄均可发病，支原体全年可发病多见于学龄期儿童及青少年可散发或小范围流行集体场所易聚集；流感可通过病毒抗原检测、核酸检测等检出流感病毒，支原体主要通过支原体抗体检测辅助诊断IgM抗体阳性滴度高结合症状可考虑且培养耗时抗体检测常用。
一、临床症状表现差异
1.流感：起病多较急，全身症状较为显著，常出现高热（体温可达39~40℃）、头痛、肌肉酸痛、乏力等全身中毒症状，呼吸道症状相对较轻，可能有鼻塞、流涕、咽痛等表现，但程度一般不重。儿童患流感时全身症状通常更为典型且进展可能较快。
2.支原体感染：起病相对较缓，发热可持续2~3周，体温可高可低，多为中等度热，咳嗽为突出表现，多为刺激性干咳，有时可类似百日咳样咳嗽，部分患儿还可能伴有咽痛、流涕等症状，但全身中毒症状一般较流感轻。
二、流行病学特点差异
1.流感：常有明显的流行趋势，可通过飞沫传播，在人群密集场所易造成暴发或流行，各年龄人群均可发病，尤其在冬春季高发。
2.支原体感染：全年均可发病，多见于学龄期儿童及青少年，可散发或小范围流行，通过飞沫传播，在学校、幼儿园等集体场所易出现聚集性发病。
三、实验室检查差异
1.流感：可通过流感病毒抗原检测（如快速抗原检测）、核酸检测等方法检测出流感病毒，抗原检测可快速初步筛查，核酸检测则能更精准确定是否为流感病毒感染及具体亚型等。
2.支原体感染：主要通过支原体抗体检测来辅助诊断，血清支原体IgM抗体在感染后2~3周开始升高，若IgM抗体呈阳性且滴度较高，结合临床症状可考虑支原体感染；另外，还可通过支原体培养等方法，但培养耗时较长，临床中抗体检测更为常用。
