生理性卵巢囊肿的成因与排卵相关因素、激素水平影响、生活方式因素以及个体差异与病史因素有关，排卵后黄体情况、激素水平波动、不良生活方式及个体卵巢功能敏感或有盆腔炎症病史等都会增加其发生风险
排卵相关因素：正常情况下，卵巢在排卵后会形成黄体，一般黄体直径小于3厘米，属于生理性的。但如果黄体期出血等情况可能导致黄体囊肿形成，这是因为排卵过程中卵泡破裂后，卵泡壁塌陷形成黄体，若黄体腔内有大量积液，使黄体腔直径超过3厘米，就形成了黄体囊肿。女性每个月都会经历排卵过程，这是生理性卵巢囊肿形成的重要基础之一，青春期开始有规律月经后，这种因排卵相关的生理性囊肿就有可能出现，育龄期女性相对更易受此影响。
激素水平影响：体内激素水平的波动会对卵巢产生作用。例如在月经周期中，雌激素和孕激素的变化会影响卵巢的正常结构和功能。当激素水平出现异常波动时，可能干扰卵巢的正常排卵和黄体形成过程，从而增加生理性卵巢囊肿的发生风险。青春期女性由于下丘脑-垂体-卵巢轴尚未完全成熟，激素水平不稳定，更易出现因激素波动导致的生理性卵巢囊肿；而围绝经期女性激素水平剧烈变化，也可能引发相关囊肿情况。
生活方式因素：长期的不良生活方式也可能与生理性卵巢囊肿的形成有关。比如长期熬夜、过度劳累会影响内分泌系统的正常调节，导致激素失衡，进而影响卵巢功能。长期高压力状态下，人体的应激反应会影响激素分泌，间接对卵巢产生不良影响。经常摄入高脂肪、高糖食物等不健康的饮食结构，也可能干扰体内激素代谢，增加生理性卵巢囊肿的发生几率。年轻女性若长期有熬夜、高压力工作且饮食不规律等情况，就更易受到这些生活方式因素的影响而出现生理性卵巢囊肿。
个体差异与病史因素：不同个体之间存在差异，一些女性可能本身卵巢功能相对敏感，更容易在正常生理过程中出现卵巢结构的微小变化而形成生理性囊肿。有过盆腔炎症病史的女性，炎症可能影响卵巢的正常解剖结构和功能，使得卵巢在排卵等过程中更易出现异常，从而增加生理性卵巢囊肿的发生风险。例如既往有盆腔炎症的女性，炎症可能导致卵巢与周围组织粘连等情况，影响其正常的排卵和黄体形成，进而促进生理性卵巢囊肿的形成。
