卵巢巧克力囊肿患者通常会出现疼痛症状，包括继发性痛经（多自某时期开始，月经前、时、后均可发生，随周期加重、结束渐消）、慢性盆腔痛（非经期有下腹坠胀隐痛，持续影响生活工作，机制复杂，与多种因素相关）、性交痛（子宫直肠陷凹等部位的囊肿可致深部性交痛，月经前明显，影响性生活质量及夫妻关系等）。
痛经：多为继发性痛经，即自发生内膜异位开始，患者诉说以往月经来潮时并无疼痛，而从某一个时期开始出现痛经。可发生在月经前、月经时及月经后。有的痛经较重难忍，需要卧床休息或用药物止痛。疼痛常随着月经周期而加重，月经结束后则逐渐减轻直至消失。这是因为异位的子宫内膜在卵巢内，随着月经周期的变化，会出现周期性出血，刺激周围组织引起炎症反应和疼痛。这种疼痛可能会影响不同年龄、性别的患者，对于年轻女性可能会影响其正常的学习、工作和生活；对于有生育需求的女性，可能会因痛经影响受孕等情况。长期的痛经还可能对患者的心理状态产生影响，导致焦虑、抑郁等情绪问题。
慢性盆腔痛：部分患者会出现慢性的盆腔疼痛，在非月经期也会有下腹部的坠胀、隐痛等不适，这种疼痛可能会持续存在，影响患者的日常生活和工作状态。其发生机制较为复杂，与异位内膜病灶导致盆腔组织粘连、神经末梢受刺激等多种因素有关。不同生活方式的患者，比如长期久坐、缺乏运动的患者，可能因盆腔血液循环不畅，加重慢性盆腔痛的症状；而有不良生活习惯，如长期熬夜、吸烟、饮酒的患者，身体的应激状态和炎症反应可能会加剧盆腔的疼痛不适。有相关病史的患者，如曾有盆腔手术史、盆腔炎病史等，其盆腔组织的解剖结构和生理功能可能已经存在一定改变，更容易出现慢性盆腔痛的情况。
性交痛：当涉及到子宫直肠陷凹、阴道直肠隔的卵巢巧克力囊肿时，患者可有性交痛，一般表现为深部性交痛，尤其在月经前较为明显。这是因为性交时宫颈受到碰撞以及子宫的收缩和向上提升，会刺激异位的内膜组织，从而引起疼痛。对于有性生活的女性来说，性交痛会影响夫妻间的性生活质量，进而可能影响夫妻关系和心理健康。不同性别的患者虽然主要是女性患病，但性交痛会对女性的性生活体验产生直接影响，而其配偶也可能会因此受到一定影响，需要双方共同关注和应对。
