子宫畸形的发生受遗传因素、胚胎发育时期的环境因素、内分泌因素影响。遗传因素中染色体异常及特定基因变异可致子宫畸形，有家族遗传病史者后代风险高；胚胎发育时期母体接触辐射、服用不当药物及宫内环境异常可致子宫畸形，高龄孕妇及妊娠早期受影响大；内分泌因素中胚胎期激素水平失衡、青春期前内分泌疾病、成年女性内分泌紊乱均可能导致子宫畸形
胚胎发育时期的环境因素
母体因素：妊娠早期母体受到某些外界因素影响可能导致子宫畸形。如母亲在妊娠早期接触辐射，包括医用辐射、放射性污染等，辐射可能损伤胚胎细胞的遗传物质，干扰中肾旁管的正常发育。另外，母亲在孕期服用某些不当药物，虽然具体药物种类较多，但这些药物可能通过影响胚胎的激素环境或细胞分化过程，阻碍子宫的正常形成。例如，妊娠早期使用某些影响激素分泌或细胞增殖的药物，可能干扰米勒管的融合等关键发育步骤。不同年龄的母亲，胚胎发育过程中受到外界环境因素影响的风险有所不同，一般来说，高龄孕妇胚胎发育异常包括子宫畸形的风险相对较高，因为随着年龄增长，卵子质量下降，染色体异常概率增加，同时身体对环境因素的耐受和修复能力可能减弱。
宫内环境因素：在胚胎发育时期，子宫腔内的环境异常也可能导致子宫畸形。例如，双角子宫的形成可能与胚胎早期中肾旁管融合过程中受到干扰有关，可能是由于宫内某些空间结构异常或微环境的改变，影响了米勒管的正常融合。如果胚胎在发育早期所处的宫内环境不利于中肾旁管的正常分化和融合，就容易出现子宫形态的异常。这种宫内环境因素的影响没有明显的性别差异，但不同的胚胎发育阶段对宫内环境变化的敏感程度不同，妊娠早期是中肾旁管发育的关键时期，此时宫内环境的微小变化都可能对子宫的正常形成产生较大影响。
内分泌因素
雌激素和孕激素在子宫的发育过程中起着重要的调节作用。在胚胎发育阶段，若体内激素水平失衡，可能导致子宫畸形。例如，雌激素分泌不足或孕激素作用异常，会影响中肾旁管的分化、融合以及子宫肌层的发育。在青春期前，内分泌系统尚未完全成熟，此时内分泌因素对子宫发育的影响相对较大，若有内分泌疾病导致激素水平异常，就可能干扰子宫的正常发育形成畸形。而对于成年女性，内分泌紊乱如多囊卵巢综合征等疾病，虽然主要影响月经和排卵等，但也可能通过影响激素环境间接对子宫的结构产生一定影响，不过相对胚胎发育时期，这种影响导致子宫畸形的情况相对较少，但仍不可忽视。
