卵巢囊肿可由生理性和病理性因素引起。生理性因素包括卵泡囊肿（与体内激素周期性变化相关，多数可自行消失）和黄体囊肿（怀孕或非妊娠女性因激素变化致黄体持续增大形成，育龄女性易出现）；病理性因素有子宫内膜异位囊肿（有子宫内膜异位症病史女性易患，雌激素影响异位内膜生长）、炎症性囊肿（盆腔炎症累及卵巢致炎性渗出物积聚形成，性生活活跃及有宫腔操作史女性易患）、肿瘤性囊肿（包括浆液性囊腺瘤、黏液性囊腺瘤为良性，囊腺癌为恶性，发病与遗传、炎症、激素等因素相关，各年龄段均可发生）。
一、生理性因素
1.卵泡囊肿：正常情况下，卵巢内的卵泡会发育成熟并排卵，若卵泡未破裂或持续增大，就可能形成卵泡囊肿。一般在月经周期的特定阶段出现，多数可自行消失，常见于育龄女性的正常生理过程，与体内激素水平的周期性变化相关，雌激素和孕激素的波动可能影响卵泡的正常发育和排卵，进而导致卵泡囊肿形成。
2.黄体囊肿：卵巢排卵后形成黄体，若黄体持续存在且直径超过3厘米则称为黄体囊肿。怀孕女性的黄体囊肿与妊娠相关，非妊娠女性的黄体囊肿也与激素变化有关，月经周期中黄体期激素水平改变可能使黄体持续增大形成囊肿，育龄女性相对更易出现。
二、病理性因素
1.子宫内膜异位囊肿（巧囊）：子宫内膜组织出现在卵巢部位并生长，随着月经周期反复出血，形成囊肿。这种情况在有子宫内膜异位症病史的女性中较为常见，子宫内膜组织可能通过血液循环或淋巴系统转移到卵巢，女性的生殖系统结构特点使其容易发生这种异位种植，且雌激素水平变化会影响异位内膜的生长，长期雌激素刺激可能促进巧囊形成。
2.炎症性囊肿：盆腔炎症累及卵巢，导致卵巢与周围组织粘连，炎性渗出物积聚形成囊肿。盆腔炎多由细菌等病原体感染引起，性生活活跃的女性、有宫腔操作史的女性（如人工流产等）易患盆腔炎，从而增加炎症性囊肿的发生风险，炎症持续刺激卵巢会影响其正常结构和功能，导致囊肿形成。
3.肿瘤性囊肿
浆液性囊腺瘤：卵巢表面上皮发生异常增生形成的良性肿瘤性囊肿，可发生于任何年龄，但多见于育龄女性。其具体发病机制尚不完全明确，可能与遗传因素、卵巢上皮的异常分化等有关，细胞的异常增殖导致囊腺瘤形成。
黏液性囊腺瘤：也是卵巢常见的良性肿瘤性囊肿，同样与卵巢上皮的异常病变相关，可能涉及上皮细胞的分泌功能异常等因素，使黏液在囊内积聚形成囊肿，育龄女性相对易患。
囊腺癌：卵巢的恶性肿瘤性囊肿，发病与多种因素相关，包括遗传易感性（如某些基因突变可能增加发病风险）、长期的炎症刺激、激素水平异常等，中老年女性相对发病风险可能有所不同，但各年龄段均可发生，恶性肿瘤性囊肿会严重影响卵巢功能及全身健康。
