舌咽神经痛的发生与多种因素相关，包括血管压迫因素（约90%以上原发性舌咽神经痛与舌咽神经走行附近血管迂曲、扩张等异常致神经纤维冲动短路有关，中老年因血管退行性变概率高）、神经脱髓鞘病变（神经脱髓鞘破坏绝缘功能致冲动传导异常引发疼痛，自身免疫因素可致，性别因素影响不突出）、肿瘤因素（颅内或颅底肿瘤直接压迫舌咽神经致传导障碍引发疼痛，中老年相对易患实体肿瘤需监测）、其他因素（头颈部局部感染或炎症波及舌咽神经周围组织致炎症反应引发疼痛，儿童易因局部感染患病，有基础疾病人群需控炎降发病几率）。
一、血管压迫因素
（一）解剖结构相关因素
舌咽神经在走行过程中，若附近的血管（如小脑后下动脉、椎动脉等）发生迂曲、扩张等异常改变，可能会对舌咽神经造成压迫。研究发现，约90%以上的原发性舌咽神经痛与血管压迫有关。从解剖学角度来看，舌咽神经出脑干区的神经纤维缺乏神经鞘膜保护，当周围血管压迫该区域神经时，神经纤维之间的冲动发生“短路”，从而引发疼痛。在不同年龄段人群中，血管的弹性等情况有所差异，中老年人群由于血管退行性变等原因，血管压迫舌咽神经的概率相对较高。
二、神经脱髓鞘病变
（一）病理机制
神经脱髓鞘病变会使神经的绝缘功能受到破坏，导致神经冲动传导异常。多种因素可能引发神经脱髓鞘，例如自身免疫因素，当机体免疫系统出现异常时，可能会错误地攻击神经髓鞘，引起脱髓鞘改变。在一些自身免疫性疾病相关的舌咽神经痛患者中，可检测到体内存在异常的自身抗体，攻击神经髓鞘结构。这种神经冲动传导异常会导致舌咽神经的感觉传入出现紊乱，进而引发疼痛症状。不同性别在自身免疫相关疾病的易感性上可能存在一定差异，但在舌咽神经痛的神经脱髓鞘机制中，性别因素对其具体影响相对不突出，主要还是病理生理过程起关键作用。
三、肿瘤因素
（一）肿瘤压迫机制
颅内或颅底的一些肿瘤，如颈静脉孔区肿瘤、神经鞘瘤等，可直接压迫舌咽神经，导致神经传导功能障碍，从而引发疼痛。肿瘤的生长会逐渐占据周围空间，对舌咽神经产生机械性压迫，影响神经的正常功能。对于有肿瘤病史或可能存在肿瘤风险的人群，需要密切关注舌咽神经痛的发生情况，因为肿瘤导致的舌咽神经痛可能是肿瘤进展的一个表现。不同年龄人群患肿瘤的类型和概率不同，中老年人群相对更易患一些实体肿瘤，需要加强监测。
四、其他因素
（一）局部感染或炎症
头颈部的局部感染或炎症，如扁桃体炎、咽炎等，可能波及舌咽神经周围组织，引起神经的炎症反应，进而导致舌咽神经痛。局部炎症因子的释放会刺激舌咽神经，使其敏感性增高，从而引发疼痛症状。在儿童群体中，由于免疫力相对较低，更容易发生上呼吸道感染等局部感染性疾病，若未及时控制，可能增加舌咽神经痛的发生风险。而对于有慢性咽炎等基础疾病的人群，需要积极控制炎症，以降低舌咽神经痛的发病几率。
