皮脂腺异位确切病因未完全明确，可能与生理发育因素、局部刺激因素、内分泌因素有关，生理发育中皮脂腺发育异常、局部长期受刺激、内分泌紊乱都可能诱发皮脂腺异位。
生理发育因素：在胚胎发育过程中，皮脂腺的发育出现异常可能导致皮脂腺异位。从胚胎学角度看，皮脂腺的正常分化和分布受到基因调控等多种因素影响，若基因调控出现偏差，就可能使皮脂腺异位生长在原本不该大量分布皮脂腺的部位，例如口腔黏膜等部位出现皮脂腺异位的情况可能与胚胎时期皮脂腺的发育路径异常相关。不同年龄段人群都可能受此影响，儿童胚胎发育阶段若出现相关基因调控问题就可能埋下隐患，成年后表现为皮脂腺异位的症状；对于女性而言，在青春期等生理发育阶段，身体激素水平等发生变化，可能会对皮脂腺的发育产生一定影响，虽然具体机制尚不十分清晰，但生理发育过程中的多种因素综合作用可能与皮脂腺异位的发生有关；男性同样在胚胎发育及后续生理发育阶段受相关因素影响。一些有特殊生活方式的人群，比如长期处于精神压力较大状态下，可能会影响内分泌等系统，间接对皮脂腺的发育产生作用，但这并非直接导致皮脂腺异位的根本原因，只是可能通过影响整体身体内环境对其有一定的协同作用。有特定病史的人群，比如曾有皮肤发育相关疾病病史的人，其发生皮脂腺异位的风险可能相对较高，因为皮肤发育相关疾病可能干扰了正常的皮脂腺发育过程。
局部刺激因素：局部长期受到刺激也可能诱发皮脂腺异位。例如，口腔内长期有牙齿的摩擦、不良修复体的刺激等，会使局部黏膜等组织受到反复刺激，进而可能影响皮脂腺的正常状态，导致皮脂腺异位的发生。长期吸烟的人群，烟草中的有害物质会对口腔黏膜等局部组织产生刺激，增加了局部组织受到损伤和刺激的机会，从而可能促进皮脂腺异位的出现；长期饮酒的人群，酒精对口腔等部位的黏膜刺激也可能是一个诱发因素。对于有口腔局部不良修复体的人群，如不合适的假牙等，会持续刺激口腔黏膜，这类人群发生皮脂腺异位的概率可能高于口腔黏膜无刺激因素的人群。有口腔疾病病史，如长期口腔溃疡反复发作的人群，口腔黏膜处于反复损伤和修复的状态，也可能为皮脂腺异位的发生创造了条件。
内分泌因素：内分泌紊乱可能与皮脂腺异位有关。体内激素水平的变化，例如雄激素水平的改变等，可能会影响皮脂腺的发育和分布。青春期时，体内雄激素水平升高，皮脂腺会增生肥大，若此时内分泌出现紊乱，可能导致皮脂腺异位的发生。女性在月经周期、孕期等不同生理阶段，体内激素水平波动较大，若激素水平波动超出正常范围，可能影响皮脂腺的状态，增加皮脂腺异位的发生风险；男性体内雄激素水平若出现异常波动，也可能对皮脂腺的发育产生影响。长期精神压力过大的人群，会引起内分泌失调，进而影响皮脂腺的正常功能，可能促使皮脂腺异位的出现；患有内分泌疾病，如甲状腺疾病等，会导致体内激素平衡被打破，也可能与皮脂腺异位的发生存在一定关联。有内分泌疾病病史的人群，发生皮脂腺异位的可能性相对增加，需要密切关注皮肤相关表现。
