肺炎球菌疫苗分为13价肺炎球菌多糖结合疫苗和23价肺炎球菌多糖疫苗，二者在所含血清型、适用人群、接种程序、免疫效果和不良反应等方面存在差异。13价疫苗含13种血清型，适用于6周龄-5岁婴幼儿等，接种4剂次，对相关血清型侵袭性疾病保护好，不良反应较轻微；23价疫苗含23种血清型，适用于2岁以上高危人群，通常接种1剂，对婴幼儿保护不如13价，不良反应相对较多。
一、疫苗所含肺炎链球菌血清型方面
13价肺炎球菌多糖结合疫苗所含的是13种常见的肺炎链球菌血清型，主要针对婴幼儿等低龄人群易感染的血清型。23价肺炎球菌多糖疫苗包含23种血清型，覆盖的血清型范围更广，但对于2岁以下婴幼儿的免疫效果相对较弱。这是因为婴幼儿自身免疫系统发育尚不完善，13价结合疫苗通过与载体蛋白结合，能更好地激发婴幼儿的免疫应答，而23价多糖疫苗主要依靠体液免疫，婴幼儿对其应答较差。
二、适用人群方面
13价肺炎疫苗主要适用于6周龄5岁的婴幼儿和儿童。对于6周龄2岁的婴幼儿是重点接种人群，因为这个阶段是肺炎链球菌感染的高危年龄段，且自身免疫防护能力弱。23价肺炎疫苗适用于2岁以上人群中肺炎球菌性肺炎的高危人群，如患有慢性疾病（如慢性阻塞性肺疾病、糖尿病、心血管疾病等）、免疫功能低下者、老年人等。因为2岁以上人群自身免疫系统相对较成熟，23价疫苗的多糖成分能较好地引发免疫反应，但对于2岁以下婴幼儿，接种23价疫苗免疫效果不佳。
三、接种程序方面
13价肺炎疫苗常规的接种程序是在2、4、6月龄进行基础免疫，1215月龄进行加强免疫。一般需要接种4剂次，在6月龄前完成3剂基础免疫，间隔至少1个月，加强免疫在1215月龄，与前一剂至少间隔2个月。23价肺炎疫苗通常只需接种1剂，如果是免疫功能低下者，在首次接种5年后可再接种1剂。这是由于不同疫苗的抗原特性和人体免疫应答特点不同，13价结合疫苗需要通过多次接种来逐步完善婴幼儿的免疫记忆，而23价多糖疫苗初次接种后，免疫记忆维持时间和再次应答情况与13价不同。
四、免疫效果方面
13价肺炎疫苗对其所包含血清型引起的侵袭性肺炎球菌疾病的保护效果较好，研究显示对相关血清型引起的肺炎、菌血症等的保护率较高。对于23价肺炎疫苗，对其所包含血清型的肺炎球菌感染的保护率也较高，但对于婴幼儿的保护效果不如13价疫苗。例如，有研究表明在婴幼儿中，13价疫苗能有效降低由其覆盖血清型导致的肺炎住院率等，而23价疫苗在婴幼儿群体中的此类保护作用相对较弱。在老年人等人群中，23价疫苗能降低肺炎球菌性肺炎的发病风险和严重程度，但其对不同血清型的保护效果也存在差异。
五、不良反应方面
13价肺炎疫苗常见的不良反应有注射部位红肿、疼痛、发热等，一般症状较轻微，多在接种后12天内出现。23价肺炎疫苗的不良反应相对较多，可能出现注射部位硬结、疼痛较为明显，全身反应如发热、头痛、乏力等的发生率也相对较高，但总体大多为轻度至中度反应。这是因为13价结合疫苗的成分和剂型设计使得免疫反应相对更温和，而23价多糖疫苗的多糖成分引起的免疫反应相对更强烈一些。对于婴幼儿等特殊人群，接种13价疫苗时要密切观察其局部和全身反应，对于有基础疾病的老年人等接种23价疫苗时也需要注意监测不良反应情况，以便及时处理。
