睾丸下降不全的鉴别诊断是与隐睾的鉴别、与睾丸缺如的鉴别、与滑动性睾丸的鉴别等。
1.与隐睾的鉴别
隐睾是睾丸下降不全的一种常见类型，但并非所有睾丸下降不全都是隐睾。隐睾是指睾丸停留在下降途中，未到达阴囊内，而睾丸下降不全还包括睾丸异位等情况。鉴别时需综合考虑睾丸的位置及是否能被推至阴囊等因素。
2.与睾丸缺如的鉴别
睾丸缺如指先天性无睾丸，超声、CT、MRI等检查均不能发现睾丸组织。而睾丸下降不全是睾丸存在但位置异常。对于诊断不明确的患者，可通过激素试验辅助鉴别，若激素水平明显异常且影像学检查未发现睾丸，可能提示睾丸缺如。
3.与滑动性睾丸的鉴别
滑动性睾丸是指睾丸可被推至阴囊内，但松手后又回缩至腹股沟区，属于睾丸下降不全的一种特殊类型。与一般的睾丸下降不全相比，其睾丸有一定的活动度，通过体格检查可进行鉴别。
对于有睾丸下降不全家族遗传病史的患者，应更加重视早期筛查和诊断。
