肠胃炎细菌感染时可据病菌病情选相应抗生素，需注意特殊人群禁忌，喹诺酮类一般不建议18岁以下未成年人、孕妇及哺乳期女性用；蒙脱石散适用于多种原因致的肠胃炎腹泻，除严重肝肾功能不全者外各年龄段适用，儿童遵医嘱；严重呕吐可经医生评估选止吐药，儿童慎用有中枢神经系统副作用的；调节肠道菌群药物可补充有益菌助康复，各年龄段可使用，特殊人群遵医嘱；儿童肠胃炎勿自行用有严重副作用抗生素需严格遵医嘱，孕妇用药须在医生指导下选对胎儿无影响的，老年人用药要充分评估药物相互作用选对肝肾功能影响小且能有效缓解症状的药物。
一、抗感染药物
若肠胃炎由细菌感染引发，可根据具体病菌及病情选用相应抗生素，但需特别注意特殊人群禁忌。例如，喹诺酮类抗生素（如诺氟沙星等）一般不建议用于18岁以下未成年人、孕妇及哺乳期女性，因可能影响骨骼发育或对胎儿、婴儿产生不良影响；对于细菌感染明确且无上述禁忌的成人，可在医生指导下谨慎使用。
二、止泻药物
（一）蒙脱石散
该药物通过吸附肠道内的病菌、毒素等，保护肠道黏膜来发挥止泻作用，适用于多种原因导致的肠胃炎腹泻，对各年龄段人群（除严重肝肾功能不全者需谨慎外）均较为适用，儿童可在医生指导下使用。
三、止吐药物
若肠胃炎患者出现严重呕吐症状，可在医生评估后选用相关止吐药物，但儿童应慎用可能有中枢神经系统副作用的止吐药，需优先选择相对安全的方案。
四、调节肠道菌群药物
（一）双歧杆菌四联活菌片等
此类药物可补充肠道有益菌，恢复肠道正常菌群平衡，有助于肠胃炎的康复。不同年龄段人群均可使用，但需注意特殊人群如免疫力极低者使用时应遵循医生建议，以避免菌群失调加重等风险。
特殊人群方面：儿童肠胃炎时，应避免自行使用可能有严重副作用的抗生素等药物，优先考虑安全的止泻及调节菌群药物，且用药需严格遵医嘱；孕妇肠胃炎用药需格外谨慎，必须在医生指导下选择对胎儿无影响的药物；老年人肠胃炎常合并其他基础疾病，用药时需充分评估药物相互作用，选择对肝肾功能影响较小且能有效缓解症状的药物。
