沙眼可根据临床表现、实验室检查等判断，急性期有畏光、流泪等症状，病程1-3个月后进入慢性期，慢性期症状可不明显；实验室检查可通过涂片检测衣原体或核酸检测沙眼衣原体核酸；必要时可做影像学检查辅助；需与滤泡性结膜炎、慢性结膜炎鉴别，滤泡性结膜炎滤泡分布等有特点，慢性结膜炎无滤泡及沙眼特有改变。
一、临床表现判断
1.急性期表现
沙眼急性期主要症状有畏光、流泪、异物感，较多黏液或黏液脓性分泌物。检查可见眼睑红肿，结膜明显充血，乳头增生，上下穹窿部结膜布满滤泡，可合并角膜上皮炎及耳前淋巴结肿大。儿童患者症状相对较轻，成人患者可能症状更明显，这与不同年龄段机体的免疫反应等因素有关。生活方式方面，若长期处于卫生条件差、眼部易接触病原体环境的人群，更易出现急性期症状。
病程约1-3个月，之后进入慢性期。
2.慢性期表现
慢性期患者症状可不明显，可仅有发痒、异物感、干燥和烧灼感。结膜充血减轻，结膜污秽肥厚，同时有乳头及滤泡增生，病变逐渐向穹窿部及结膜下方发展，可出现瘢痕化。随着病情发展，瘢痕会逐渐取代充血的结膜组织，这一过程中，不同年龄、生活方式的人群进展速度可能不同，比如儿童免疫系统尚在发育中，可能恢复相对较慢；而生活方式健康、抵抗力强的人群可能恢复相对快些。
二、实验室检查判断
1.病原体检查
涂片检测衣原体：取结膜刮片进行Giemsa染色或碘染色，可在细胞内发现包涵体。这种方法对于诊断沙眼有一定价值，不同年龄人群细胞内包涵体的检出率可能有差异，儿童由于眼部细胞特点等因素，可能在操作和结果判断上需更谨慎。
核酸检测：利用聚合酶链反应（PCR）等核酸扩增技术检测沙眼衣原体的核酸，敏感性和特异性较高。该检查不受患者用药等因素过多干扰，能较准确地检测出是否存在沙眼衣原体感染，对于不同性别、年龄的患者都可适用，但在儿童操作时需注意标本采集的规范性。
三、影像学检查辅助判断（必要时）
对于一些复杂病例，可能会进行眼部超声等检查，帮助排除其他眼部疾病，但一般沙眼通过临床表现和实验室检查基本可确诊，影像学检查并非常规诊断手段。
四、与其他疾病鉴别判断
1.滤泡性结膜炎
滤泡性结膜炎的滤泡多见于下穹窿及下睑结膜，大小较均匀，排列整齐，不伴有角膜血管翳，也无瘢痕形成，而沙眼的滤泡形态、分布及后续发展等有其自身特点，可通过详细的眼部检查进行鉴别。不同年龄人群中，这两种疾病的表现可能有相似之处，需要仔细区分。
2.慢性结膜炎
慢性结膜炎一般无滤泡形成，也无沙眼特有的结膜瘢痕等改变，通过病史询问、眼部检查可进行鉴别。例如长期佩戴隐形眼镜的人群，需注意区分是慢性结膜炎还是沙眼，因为两者的处理方式不同。
