根管治疗四次中，首次治疗时若牙髓未完全坏死，清理发炎牙神经时可能最痛，但规范操作下多数患者痛感轻微或可忍受。
首次治疗需清理牙齿根管内发炎的牙神经，若牙髓未完全坏死，清理时会有痛觉。不过，治疗前会注射局麻药，如盐酸利多卡因等，多数患者在此阶段不会感到明显疼痛，仅少数对麻醉不敏感者可能感到轻微不适。
第二次治疗主要是扩大根管、去除感染牙本质，此时发炎牙神经多已清理，疼痛通常不明显。第三次治疗在根管内置入消毒药物，观察炎症消退情况，一般也不会引起疼痛。末次治疗进行根管充填，若操作规范，患者通常不会感到疼痛。
个体对疼痛的敏感程度差异显著，痛阈低的人可能感觉疼痛较为明显。此外，若医生操作手法不恰当、患者炎症严重或麻醉效果差，也可能出现较为强烈的疼痛感。
