扁桃体结石的形成原因尚不完全清楚，但可能与饮食因素、扁桃体结构、细菌感染、免疫系统问题等因素有关。
1.饮食因素
长期摄入辛辣、油腻、高糖等刺激性食物，可能导致口腔及咽喉部黏膜分泌物增多、黏稠度增加。这些分泌物容易与食物残渣混合，沉积在扁桃体隐窝内，为结石的形成提供了物质基础。此外，饮水不足会使口腔内唾液分泌减少，无法有效冲洗扁桃体隐窝，也会增加结石形成的风险。
2.扁桃体结构
扁桃体表面存在许多深浅不一的隐窝，这些隐窝如同细小的“口袋”，容易积存食物碎屑、脱落的上皮细胞以及细菌等物质。如果扁桃体隐窝较深、开口狭窄，积存的物质就难以被正常排出，长期堆积后，在细菌的作用下逐渐钙化，便形成扁桃体结石。部分人群扁桃体天生肥大或存在慢性炎症导致隐窝加深，会进一步增加结石形成的可能性。
3.细菌感染
口腔内存在多种细菌，当扁桃体受到细菌感染引发慢性炎症时，细菌会大量繁殖并产生代谢产物。这些代谢产物与脱落的上皮细胞、食物残渣等混合在一起，滞留在扁桃体隐窝内。同时，炎症会导致扁桃体隐窝黏膜充血、肿胀，使得分泌物排出受阻，加速了物质的沉积和钙化过程，从而促进结石的形成。而且，结石形成后又可能成为细菌滋生的温床，加重扁桃体的感染，形成恶性循环。
4.免疫系统问题
当人体免疫系统功能减弱时，机体对细菌等病原体的抵抗力降低，容易引发扁桃体的反复感染。反复感染会导致扁桃体组织长期处于炎症状态，影响隐窝内物质的正常排出和清除。此外，免疫系统异常可能影响口腔及咽喉部的微环境平衡，使得分泌物的性质发生改变，更易形成结石。同时，免疫功能低下还可能延缓扁桃体的自我修复过程，进一步增加结石形成的风险。
