绝大多数肛周脓肿需手术治疗，因脓肿自行破溃难愈合易成肛瘘，手术可引流脓液缓解症状，仅极少数表浅小脓肿在特殊情况可先尝试非手术治疗但后续仍需密切观察。
脓肿自行破溃愈合困难：肛周脓肿一旦形成，自行破溃后往往很难完全愈合，容易形成肛瘘，而肛瘘的治疗相对肛周脓肿更复杂，所以通常建议早期手术。例如，相关研究表明，肛周脓肿若不及时手术，约有九成会发展为肛瘘。
缓解症状：手术可以直接切开脓肿，引流出脓液，迅速缓解疼痛、肿胀等症状。如果不手术，感染可能进一步扩散，引起更严重的全身感染症状，如高热、寒战等。对于不同年龄、性别、生活方式和病史的人群：
儿童：儿童肛周脓肿相对少见，但一旦发生，由于儿童身体机能和恢复能力的特点，更需要及时手术，以避免感染扩散影响生长发育等，手术时要特别注意保护肛门周围组织的功能，遵循儿科安全护理原则。
女性：女性肛周脓肿患者在手术前后要注意会阴部的卫生护理，因为女性会阴部生理结构特殊，容易受到感染影响，术后要避免引起会阴部感染加重病情。
男性：男性肛周脓肿患者同样需要及时手术，术后要注意休息，避免久坐等不良生活方式，因为久坐可能影响肛周血液循环，不利于伤口恢复。
有基础病史人群：如果患者有糖尿病等基础病史，由于血糖控制不佳会影响伤口愈合，所以在手术前后要更加严格控制血糖，同时手术要确保彻底引流，降低感染复发及加重基础病的风险。
当然，也有极少数情况，比如非常表浅、很小的肛周脓肿，在严格评估且患者身体状况不允许手术等特殊情况下，可能会先尝试非手术治疗，如抗感染治疗等，但这种情况非常少见，且后续仍需密切观察病情变化，一旦有手术指征仍需及时手术。
