肛瘘患者肛周皮肤瘘口可持续或间断流出脓性、血性、黏液性分泌物，新瘘管分泌物多脓稠味臭色黄，陈旧瘘管分泌物少或时有时无呈白色质稀淡且脓液突然增多提示有新瘘管生成；瘘管通畅无炎症时多无疼痛仅局部发胀不适行走时加重，感染或脓液排出不畅致肿胀发炎时会疼痛，内瘘感直肠下部和肛门部灼热不适排便时疼痛加重；脓液刺激肛周皮肤致瘙痒潮湿不适皮肤现湿疹样改变；复杂性肛瘘长期不愈可致肛门直肠周围纤维组织增生形成瘢痕性狭窄致排便困难；反复发作成慢性感染可出现消瘦、贫血、便秘等全身症状，结核性肛瘘有低热、盗汗、乏力等结核中毒症状，儿童需特别注意局部护理避免搔抓加重症状，老年人机体抵抗力弱感染后全身症状相对更明显需更注重基础健康状况维护。
一、流脓
肛瘘患者肛周皮肤可见瘘口持续或间断流出少量脓性、血性、黏液性分泌物，分泌物的多少与瘘管的长短、多少有关，新生成的瘘管分泌物较多，脓稠、味臭、色黄，陈旧性瘘管分泌物较少或时有时无、呈白色质稀淡，若脓液突然增多提示有新瘘管生成。
二、肿痛
一般瘘管通畅无炎症时多无疼痛，仅感局部发胀不适、行走时加重；当瘘管感染或脓液排出不畅致肿胀发炎时可引起疼痛，内瘘常感直肠下部和肛门部灼热不适、排便时疼痛加重。
三、瘙痒
脓液不断刺激肛周皮肤致患者常感瘙痒，肛周潮湿不适，皮肤可出现湿疹样改变。
四、排便困难
复杂性肛瘘长期不愈可引起肛门直肠周围纤维组织增生，甚至形成瘢痕性狭窄，导致排便困难。
五、全身症状
肛瘘反复发作形成慢性感染时，可出现消瘦、贫血、便秘等全身症状；若为结核性肛瘘，可有低热、盗汗、乏力等结核中毒症状。不同人群中，儿童肛瘘需特别注意局部护理，避免因搔抓等加重症状；老年人肛瘘患者可能因机体抵抗力较弱，感染后全身症状相对更明显，需更注重基础健康状况的维护。
