肛瘘主要由肛周脓肿、特异性感染、直肠肛门损伤、克罗恩病等因素引起，其中肛周脓肿是最常见病因，约90%的肛瘘继发于肛周脓肿，特异性感染如结核杆菌等可致特殊性肛瘘，直肠肛门损伤及克罗恩病也会引发肛瘘，不同人群因不同情况易患肛瘘需注意相关问题。
肛周脓肿：是肛瘘最常见的病因。肛门直肠周围发生感染形成脓肿，脓肿自行破溃或经手术切开引流后，原发感染灶（内口）仍存留在直肠或肛管内，感染可不断由内口进入瘘管，致使瘘管周围组织反复发生炎症，纤维组织增生，最终形成肛瘘。例如，研究表明约90%的肛瘘继发于肛周脓肿，肛周脓肿未得到规范有效的处理，就极易发展为肛瘘。不同年龄段人群均可能发生肛周脓肿进而引发肛瘘，男性由于肛门腺发达等因素相对更易出现肛周脓肿相关问题，生活中不注意肛门卫生、经常腹泻或便秘等人群，肠道细菌容易侵入肛门周围组织引发感染，增加肛周脓肿及肛瘘的发生风险。
特异性感染：如结核杆菌、放线菌等感染，可形成特殊性肛瘘。结核杆菌感染时，病变进展相对缓慢，瘘管不易愈合，且容易反复发作。有结核病史或接触史的人群，发生肛瘘的风险可能增加，这类人群除了肛瘘相关表现外，往往还可能伴有结核的全身症状，如低热、盗汗、乏力等。
直肠肛门损伤：外伤、吞咽异物或肛门手术等可导致直肠肛门损伤，细菌可经损伤处侵入肛周组织引起感染，进而形成肛瘘。比如，肛门部位进行手术时，如果操作不当或术后护理不佳，就可能引发感染形成肛瘘；异物损伤肛门后，未及时处理，也容易导致感染扩散形成肛瘘。不同生活方式的人群，如从事特殊职业容易导致肛门损伤的人群，发生肛瘘的几率相对较高，有肛门损伤病史的人群需要密切关注肛门状况，及时发现异常。
克罗恩病：这是一种原因不明的肠道炎症性疾病，可累及肛门直肠，导致肛瘘的发生。克罗恩病引起的肛瘘往往比较复杂，治疗也相对困难。患有克罗恩病的患者，除了肛瘘表现外，还会有肠道炎症的一系列表现，如腹痛、腹泻、体重下降等，这类患者需要综合治疗克罗恩病和肛瘘。
