肛瘘治疗分非手术与手术，非手术用于缓解急性发作期症状费用相对低，手术治疗受医院级别、肛瘘复杂程度、术前术后相关费用影响，儿童肛瘘手术因特点费用有差异，女性肛瘘手术因美观等可能稍高，有基础病史患者因需额外处理基础病费用更高且需先控基础病再手术。
一、非手术治疗费用
非手术治疗主要用于缓解肛瘘急性发作期的症状，如控制感染等。一般包括药物（仅提及药物名称）抗感染、坐浴等费用，整体费用相对较低，通常在几百元至1000余元。但非手术治疗多为对症处理，无法根治肛瘘，仅能暂时缓解症状。
二、手术治疗费用
手术是根治肛瘘的主要方式，费用受多种因素影响：
（一）医院级别
基层医院简单肛瘘手术费用相对较低，一般在3000~5000元；三甲医院复杂肛瘘手术费用较高，可能达到10000元以上。
（二）肛瘘复杂程度
单纯性肛瘘手术相对简单，费用较低；复杂性肛瘘手术难度大、恢复时间长，费用相应增加，可能在5000元以上甚至更高。
（三）术前术后相关费用
包括术前检查（如血常规、凝血功能、影像学检查等）、术后换药、抗感染药物（仅提及药物名称）等费用，这部分费用一般在1000~3000元不等。
三、不同人群费用差异及注意事项
（一）儿童肛瘘
儿童肛瘘多采用保守治疗为主，若需手术，因儿童组织修复能力及手术操作精细度要求高，费用可能较成人略高，但需选择对儿童创伤小的术式，医院级别不同费用有差异，一般在4000~8000元左右，治疗时需充分考虑儿童耐受及恢复特点。
（二）女性肛瘘
女性肛瘘手术可能更注重美观，部分医院采用微创或特殊术式，费用可能稍高，同时需考虑女性特殊生理结构对手术操作及恢复的影响，整体费用需结合具体手术方式及医院定价，一般在5000~10000元左右。
（三）有基础病史患者
若患者合并糖尿病、心血管疾病等基础病史，术前需额外评估及处理基础病，可能增加检查及治疗费用，整体费用会高于单纯肛瘘手术患者，一般在8000元以上，需先控制基础病稳定后再考虑肛瘘手术。
